科学研究：

研究方向：

主要从事计算化学生物学的研究。

承担科研项目情况：

承担或参与国家自然科学基金委、科技部、中国科学院以及上海市科委在研项目多项。

1． 国家自然科学基金委青年科学基金一项，2006-2008。

2． 中国科学院优秀博士学位论文科研启动专项资金一项，2006-2008。

资料更新中……

科研成果：

1． 分子靶向药物设计方法的研究及应用，2010年获药明康德“生命化学研究奖”三等奖。

资料更新中……

发明专利：

1． 一类磷脂酶甲2的抑制剂及其制备方法和用途 来鲁华; 冯亚兵; 刘莹; 王任小; 周广彦 【中国专利】北京大学 2002-07-10

2． 一种噻唑联吡唑酮类化合物及其作为Bcl-2家族蛋白拮抗剂的应用 王任小; 马大为; 李勋; 孙威; 周炳城; 石志敏; 张兴龙; 朱翠侠; 李雯雯 【中国专利】中国科学院上海有机化学研究所 2009-01-14

3． 一种噻唑并[3,2-a]嘧啶类化合物及其作为Bcl-2家族蛋白拮抗剂的应用 王任小; 俞飚; 李勋; 周炳城; 石志敏; 张兴龙; 朱翠侠; 李雯雯 【中国专利】中国科学院上海有机化学研究所 2009-01-21

4． 2-芳基-6-芳基’-葡萄糖苷类化合物及其制备方法与应用 王任小; 俞飚; 史合方; 李勋; 周炳城; 李嫣; 石志敏; 张兴龙; 朱翠侠; 李雯雯 【中国专利】中国科学院上海有机化学研究所 2009-01-21

5． 芳香胺类衍生物或其类似物及其应用 叶德泳; 王任小; 张亚; 林赋; 邓晓东; 李勋; 周璐; 郑雪雁 复旦大学; 【中国专利】复旦大学; 中国科学院上海有机化学研究所 2011-03-30

计算机软件著作权申请：

1. 中科院上海有机化学研究所，化学结构自动识别软件I-interpret v1.0，登记号：2007SR15399.

2. 中科院上海有机化学研究所，脂水分配系数预测软件XLOGP v3.0，登记号：2008SR05200.

3. 中科院上海有机化学研究所，蛋白-配体复合物亲合性PDBbind-CN数据库系统 v2008，登记号：2008SR34921.

4. 中科院上海有机化学研究所，分子设计ITMD软件 v1.0，登记号：2008SR34922.

5. 中科院上海有机化学研究所，蛋白-配体亲合性预测X-SCORE软件 v2.0，登记号：2008SR34923.

6. 中科院上海有机化学研究所，先导化合物的发现及结构优化软件AT&T v1.0，登记号：2009SR061028.

7. 中科院上海有机化学研究所，CCBG-CMS化合物管理系统软件v1.0，登记号：2009SR061029.

论文专著：

发表学术论文80余篇。

出版专著：

资料更新中……

发表英文论文：

1. Li, Y.; Liu, Z.; Wang, R.*, “Test MM-PB/SA on True Conformational Ensembles of Protein-Ligand Complexes”, J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 1682-1692.

2. Lin, F.; Wang, R.*, “Systematic Derivation of AMBER Force Field Parameters Applicable to Zinc”, J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1852-1870.

3. Cheng, T.; Liu, Z.; Wang, R.*, “A Knowledge-Based Strategy for Improving the Accuracy of Scoring Functions in Binding Affinity Prediction”, BMC Bioinformatics, 2010, 11, 193-208.

4. Li, X.; Li, Y.; Cheng, T.; Liu, Z.; Wang, R.*, “Evaluation of the Performance of Four Molecular Docking Programs on a Diverse Set of Protein-Ligand Complexes”, J. Comp. Chem. 2010, 31, 2109-2125.

5. Shi, H.; Zhou, B.; Li, W.; Shi, Z.; Yu, B.*; Wang, R.*, "Synthesis and Anti-tumor Activities of Methyl 2-O-Aryl-6-O-Aryl’-D-Glucopyranosides", Bioorg. Med. Chem. Lett., 2010, 20, 2855-2858.

6. Li, X.; Liu, Z.; Li, Y.; Li, J.; Li, J.; Wang, R.*, “A Statistical Survey on the Binding Constants of Covalently Bound Protein-Ligand Complexes”, Mol. Informatics, 2010, 29, 87-96.

7. Zheng, F.; Lin, F.; Wang, R.; Qing, F.-L. “Synthesis and conformational analysis of D-2-deoxy-2,2-difluoro-4-dihydro-4-thionucleosides”, Org. Biomol. Chem., 2010, 8, 163-170.

8. Lin, F.; Wang, R.* “Hemolytic Mechanism of Dioscin Proposed by Molecular Dynamics Simulations”, J. Mol. Model. 2010, 16, 107-118.

9. Cheng, T.; Li, X.; Li, Y.; Liu, Z.; Wang, R.* “Comparative Assessment of Scoring Functions on a Diverse Test Set”, J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1079-1093.

10. Zhang, X.; Li, X.; Wang, R.* “Interpretation of the Binding Affinities of PTP1B Inhibitors with the MM-GB/SA method and the X-Score Scoring Function”, J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 1033-1048. (cover story)

11. Li, Y.; Zhou, B.; Wang, R.* “Rational Design of Tamiflu Derivatives Targeting at the Open Conformation of Neuraminidase Subtype 1”, J. Mol. Graph. Model. 2009, 28, 203-219.

12. Li, X.; Wang, R.* “Automatic Identification of Antibodies in the Protein Data Bank”, Chinese Journal of Chemistry, 2009, 27, 23-28.

13. Wang, K.; Wu, Y.-S.; Wang, G.-T.; Wang, R.-X.; Jiang, X.-K.; Fu, H.-B.; Li, Z.-T., "Hydrogen bonding-mediated foldamer-bridged zinc porphyrin-C60 dyads: ideal face-to-face orientation and tunable donor–acceptor interaction", Tetrahedron, 2009, 65, 7718–7729.

14. Zhu, Y.-Y.; Wang, G.-T.; Wang, R.-X.; Li, Z.-T. "Intramolecular Six-Membered and Three-Center C-H-O Hydrogen Bonding in 1,4-Diphenyl-1,2,3-Triazoles", Cryst. Growth Des., 2009, 9, 4778–4783.

15. Liu, Z. G.; Wang, G. T.; Li, Z. T.; Wang, R.* “Geometrical Preferences of the Hydrogen Bonds on Protein-Ligand Binding Interface Derived from Statistical Surveys and Quantum Mechanics Calculations”, J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1959–1973.

16. Lin, F.; Wang, R.* “Molecular modeling of the three-dimensional structure of GLP-1R and its interactions with several agonists”, J. Mol. Model. 2008, 15, 53-65.

17. Cai, W.; Wang, G. T.; Du, P.; Wang, R. X.; Jiang, X. K.; Li, Z.T.* “Foldamer Organogels: A Circular Dichroism Study of Glucose-Mediated Dynamic Helicity Induction and Amplification”, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13450–13459.

18. Yeang, C.; Varshney, S.; Wang, R.; Zhang Y.; Ye D.Y.; Jiang, X. C.* “The domain responsible for sphingomyelin synthase (SMS) activity”, Biochimica et Biophysica Acta-Molecular and Cell Biology of Lipids, 2008, 1781, 610-617.

19. Cheng, T.; Zhao, Y.; Li, X.; Lin, F.; Xu, Y.; Zhang, X.; Li, Y.; Wang, R.*; Lai, L. “Computation of Octanol-Water Partition Coefficients by Guiding an Additive Model with Knowledge”, J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 2140-2148.

20. Zhao, Y.; Cheng, T.; Wang, R.* “Automatic Perception of Organic Molecules Based on Essential Structural Information”, J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 1379-1385.

21. Wang, R.*; Lin, F.; Xu, Y.; Cheng, T. “I-SOLV: A new surface-based empirical model for computing solvation free energies”, J. Mol. Graph. Model. 2007, 26, 368-377.

22. Feng, D.-J.; Wang, G..-T.; Wu, J.; Wang, R.-X.; Li, Z.-T.* “Hydrogen bonding-driven elastic bis(zinc)porphyrin receptors for neutral and cationic electron-deficient guests with a sandwich-styled complexing pattern”, Tetrahedron Lett. 2007, 48, 6181-6185.

23. Li, C.; Wang, G.; Yi, H.; Jiang, X.; Li, Z.*; Wang, R.* “Diastereomeric Recognition of Chiral Foldamer Receptors for Chiral Glucoses”, Org. Lett. 2007, 9, 1797-1800.

24. Ma, D.*; Yu, S.; Li, B.; Chen, L.; Chen, R.; Yu, K.; Zhang, L.; Chen, Z.; Zhong, D.; Gong, Z.; Wang, R.; Jiang, H.; Pei, G. “Synthesis and Biological Evaluation of 1,3,3,4-Tetrasubstituted Pyrrolidine CCR5 Receptor Antagonists. Discovery of a Potent and Orally Bioavailable Anti-HIV Agent”, ChemMedChem, 2007, 2, 187-193.

25. Tang, G.; Ding, K.; Nikolovska-Coleska, Z.; Yang, C.-Y.; Qiu, S.; Shangary, S.; Wang, R.; Guo, J.; Gao, W.; Meagher, J.; Stuckey, J.; Krajewski, K.; Jiang, S.; Roller, P. P.; Wang, S.* “Structure-Based Design of Flavonoid Compounds As a New Class of Small-Molecule Inhibitors of the Anti-apoptotic Bcl-2 Proteins”, J. Med. Chem. 2007, 50, 3163-3166.

26. Tang, G.-Z.; Yang, C.-Y.; Nikolovska-Coleska, Z.; Guo, J.; Qiu, S.; Wang, R. X.; Gao, W.; Wang, G.-P.; Stuckey, J.; Krajewski, K.; Jiang, S.; Roller, P. P.; Wang, S. M.* “Pyrogallol-based molecules as potent inhibitors of the antiapoptotic Bcl-2 proteins”, J. Med. Chem. 2007, 50, 1723-1726.

27. Lu, Y.; Wang, R.; Yang, C.-Y.; Wang, S.* “Analysis of ligand-bound water molecules in high-resolution crystal structures of protein-ligand complexes”. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 668-675.

28. Zhang M.C.; Ling, Y.; Yang, C.-Y.; Liu, H. P.; Wang, R. X.; Wu, X. H.; Ding, K.; Zhu, F.; Griffith, B. N.; Mohammad, R. M.; Wang, S. M.*; Yang, D. J. “A novel Bcl-2 small molecule inhibitor 4-(3-methoxy-phenylsulfannyl)-7-nitro-benzofurazan-3-oxide (MNB)-induced apoptosis in leukemia cells”. Annals. Hematology, 2007, 86, 471-481.

29. Xu, Y.; Wang, R.* “A Computational Analysis of the Binding Affinities of FKBP12 Inhibitors Using the MM-PB/SA Method”, Proteins, 2006, 64, 1058-1068.

30. Yu, S.; Pu, X.; Cheng, T.; Wang, R.; Ma, D.* “Total Synthesis of Clavepictines A and B and Pictamine”, Org. Lett. 2006, 8, 3179-3182.

31. Ma, D.*; Jiang, Y.; Chen, F.; Gong, L.-k.; Ding, K.; Xu, Y.; Wang, R.; Ge, A.; Ren, J.; Li, J.; Li, J.; Ye, Q. “Selective Inhibition of Matrix Metalloproteinase Isozymes and in Vivo Protection against Emphysema by Substituted -Keto Carboxylic Acids”, J. Med. Chem. 2006, 49, 456-458.

32. Wang, G.; Nikolovska-Coleska, Z.; Yang, C.-Y.; Wang, R.; Tang, G.; Guo, J.; Shangary, S.; Qiu, S.; Gao, W.; Yang, D.; Meagher, J.; Stuckey, J.; Krajewski, K.; Jiang, S.; Roller, P. P.; Abaan, H. O.; Tomita, Y.; Wang, S.* “Structure-Based Design of Potent Small-Molecule Inhibitors of Anti-Apoptotic Bcl-2 Proteins”, J. Med. Chem., 2006, 49, 6139-6142.

33. Yang, C.-Y.; Wang, R.; Wang, S.* “M-Score: A Knowledge-Based Potential Scoring Function Accounting for Protein Atom Mobility”, J. Med. Chem. 2006, 49, 5903-5911.

34. Wang, R.; Fang, X.; Lu, Y.; Yang, C.-Y.; Wang, S.* “The PDBbind Database: Methodologies and Updates”, J. Med. Chem. 2005, 48, 4111-4119.

35. Yang, C.-Y.; Wang, R.; Wang, S.* “A Systematic Analysis of the Effect of Small-Molecule Binding on Protein Flexibility of the Ligand-Binding Sites”, J. Med. Chem. 2005, 48, 5648-5650.

36. Song, H.; Wang, R.; Wang, S; Lin, J.* “A low-molecular-weight compound discovered through virtual database screening inhibits Stat3 function in breast cancer cells”, Proc. Natl. Acad. Sci. 2005, 102, 4700-4705.

37. Wang R.; Lu Y.; Fang X.; Wang S.* “An Extensive Test of 14 Scoring Functions Using the PDBbind Refined Set of 800 Protein-Ligand Complexes”, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 2114-2125.

38. Real P. J.; Cao, Y.; Wang R.; Nikolovska-Coleska Z.; Sanz-Ortiz J.; Wang S.; Fernandez-Luna J. L.* “Breast cancer cells can evade apoptosis-mediated selective killing by a novel small molecule inhibitor of Bcl-2”, Cancer Research, 2004, 64, 7947-7953.

39. Wang, R.; Fang, X.; Lu, Y.; Wang, S.* “The PDBbind Database: Collection of Binding Affinities for Protein-Ligand Complexes with Known Three-Dimensional Structures”, J. Med. Chem. 2004, 47, 2977-2980.

40. Nikolovska-Coleska, Z.; Wang, R.; Fang X, Wang, S.* “Development and optimization of a binding assay for the XIAP BIR3 domain using fluorescence polarization”, Analytical Biochemistry 2004, 332, 261-273.

41. Nikolovska-Coleska, Z.; Xu, L.; Hu, Z.; Tomita, Y.; Li, P.; Roller, P. P.; Wang, R.; Fang, X.; Guo, R.; Zhang, M.; Lippman, M. E.; Yang, D.; Wang, S.* “Discovery of Embelin as a Cell-Permeable, Small-Molecular Weight Inhibitor of XIAP through Structure-Based Computational Screening of a Traditional Herbal Medicine Three-Dimensional Structure Database”, J. Med. Chem. 2004, 47, 2430-2440.

42. Gao, Y.; Wang, R.; Lai, L.* “Structure-based method for analyzing protein-protein interfaces”, J. Mol. Model. 2004, 10, 44-54.

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44. Leach, A. G.; Wang, R.; Wohlhieter, G. E.; Khan, S. I.; Jung, M. E.; Houk, K. N.* “Theoretical Elucidation of Kinetic and Thermodynamic Control of Radical Addition Regioselectivity”, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4271-4278.

45. Wang, R.; Lai, L.; Wang, S.* “Further development and validation of empirical scoring functions for structure-based binding affinity prediction”, J. Comput.-Aided Mol. Des. 2002, 16, 11-26.

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47. Wang, R.; Wang, S.* “How does consensus scoring work for virtual library screening? An idealized experiment”, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001, 41, 1422-1426.

48. Rong, S.; Hu, Y.; Enyedy, I.; Powis, G.; Meuillet, E. J.; Wu, X.; Wang, R.; Wang, S.*; Kozikowski, A. P. “Molecular Modeling Studies of the Akt PH Domain and Its Interaction with Phosphoinositides”, J. Med. Chem. 2001, 44, 898-908.

49. Chen, J.; Wang, R.; Taussig, M.; Houk, K. N.* “Quantitative Calculation of Antibody-Antigen Binding: Steroid-DB3 Binding Energies by the Linear Interaction Energy Method”, J. Org. Chem. 2001, 66, 3021-3026.

50. Liu, Y.; Feng, Y.; Wang, R.; Gao, Y.; Lai, L.* “Quinoline-4-acetamides as sPLAB2B Inhibitors”, Bioorgan. & Med. Chem. Lett. 2001, 11, 1639-1641.

51. Liu, Y.; Feng, Y.; Gao, Y.; Wang, R.; Lai, L.* “Structure-based design and synthesis of novel type quinoline as secretory PLA(2) inhibitors”, Acta Phys.-Chim. Sinica 2001, 59, 1751-1755.

52. Chen, J.; Deng, Q.; Wang, R.; Houk, K. N.*; Hilvert, D.* "Shape Complementarity, Binding Site Dynamics, and Transition State Stabilization: A Theoretical Study of Diels-Alder Catalysis by Antibody 1E9", ChemBioChem 2000, 1, 255-261.

53. Wang, R.; Gao, Y.; Lai, L.* "LigBuilder: A Multiple-Purposed Program for Structure-Based Drug Design", J. Mol. Model. 2000, 6, 498-516.

54. Wang, R.; Gao, Y.; Lai, L.* "Calculating Partition Coefficients by Atom-Additive Method", Perspective in Drug Discovery & Design. 2000, 19, 47-66.

55. Li, W.; Liang, S.; Wang, R.; Lai, L.*; Han, Y. "Exploring the Conformational Diversity of Loops on Conserved Frameworks", Protein Eng. 1999, 12, 1075-1086.

56. Tao, P.; Wang, R.; Lai, L*. "Calculating Partition Coefficients of Peptides by the Addition Method", J. Mol. Model. 1999, 5, 189-195.

57. Tao, P.; Wang, R.; Lai, L*. "Calculating Partition Coefficients of Peptides by Amino Acid Addition Model", Acta Phys.-Chim. Sinica, 1999, 15, 449-453.

58. Zhu, B.*; Zhang, P.; Wang, R.; Liu, Z.; Lai, L. “Phase separation and crystallization in mixed monolayers of FC and HC surfactants”, Colloids & Surfaces A 1999, 157, 63-71.

59. Wang, R.; Liu, L.; Lai, L.*; Tang, Y. "SCORE: A New Empirical Method for Structure-Based Estimation of Binding Affinities", J. Mol. Model. 1998, 4, 379-394.

60. Wang, R.; Gao, Y.; Liu, L.; Lai, L.* "All-Orientation Search and All-Placement Search in Comparative Molecular Field Analysis", J. Mol. Model., 1998, 4, 276-283.

61. Wang, R.; Li, W.; Lai, L.*; Tang, Y. "Estimating the Binding Affinities for Enzyme-Ligand Complexes", Acta Phys.-Chim. Sinica, 1998, 14, 826-832.

62. Wang, R.; Liu, L.; Lai, L.*; Tang, Y. "Studying the Structure-Affinity Relationship of Thrombin Inhibitors", Acta Phys.-Chim. Sinica, 1998, 14, 887-892.

63. Wang, R.; Feng, Y.; Lai, L.*; Tang, Y. "Studying the Structure-Affinity Relationship of Indole-Based Inhibitors for Phospholipase A2", Acta Phys.-Chim. Sinica, 1998, 14, 893-897.

64. Wang, R.; Gao, Y.; Liu, L.; Lai, L.* "Role of Compound Orientation in CoMFA Studies", Acta Phys.-Chim. Sinica, 1998, 14, 1-4.

65. Wang, R.; Fu, Y.; Lai, L.* "A New Atom-Additive Method for Calculating Partition Coefficients", J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1997, 37, 615-621.

66. Liu, L.; Wang, R.; Lai, L.*; Li, C.* "3D-QSAR and Pharmacophore Modeling of Growth Hormone Secretagogues", Acta Phys.-Chim. Sinica, 1997, 13, 1090-1096.

67. Wang, R.; Fu, Y.; Lai, L.* "A New Method for Calculating Partition Coefficients of Organic Compounds", Acta Phys.-Chim. Sinica, 1997, 13, 1-4.

68. Luo, Z.; Wang, R.; Lai, L.* "RASSE: A new Method for Structure-Based Drug Design", J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36, 1187-1194.

69. Lai, L.*; Wang, R.; Tang, Y. "A New Model for Calculating logP for Organic Compounds", Acta Phys.-Chim. Sinica, 1994, 10, 963-965.

70. Wang, Y.; Li, J.; Wang, R.* "Computational Approaches to Estimate Octanol-Water Partition Coefficient and Water Solubility of Organic Compounds", Acta Phys.-Chim. Sinica (物理化学学报), 2010,26, 1742-1754

71. Li, Y.; Wang, R.* “Theoretical approaches to the prediction of the biological targets of small-molecular compounds based on chemogenomic information”, Chinese Bulletin of Life Sciences (生命科学), 2009, 21, 400-407

发表中文论文：

1 化合物的空间取向对CoMFA结果的影响 王任小; 高瀅; 刘亮; 来鲁华 北京大学物理化学研究所 【期刊】物理化学学报 1998-01-15

2 酶-配体复合物亲和性的计算 王任小; 李维忠; 来鲁华; 唐有祺 北京大学物理化学研究所 【期刊】物理化学学报 1998-09-15

3 凝血酶抑制剂的结构与活性的关系 王任小; 刘亮; 来鲁华; 唐有祺 北京大学物理化学研究所 【期刊】物理化学学报 1998-10-15

4 磷脂酶A_2吲哚类抑制剂的结构和活性关系 王任小; 冯亚彬; 来鲁华; 唐有祺 北京大学物理化学研究所 【期刊】物理化学学报 1998-10-15

5 有机化合物脂水分配系数和溶解度的计算方法 王艳玲; 李婕; 王任小 中国科学院上海有机化学研究所; 生命有机化学国家重点实验室 【期刊】物理化学学报 2010-07-15

6 三种Bcl-2家族蛋白的表达、纯化及活性分析 朱翠侠; 李勋; 李雯雯; 石志敏; 周佳海; 王任小 中国科学院上海有机化学研究所生命有机化学国家重点实验室 【期刊】生物医学工程学杂志 2010-08-25

7 应用化学基因组信息预测小分子化合物的潜在生物靶标的理论方法 李嫣; 王任小 中国科学院上海有机化学研究所生命有机化学国家重点实验室 【期刊】生命科学 2009-06-15

8 国内外生物信息学数据库服务新进展 李维忠; 王任小; 林大威; 毛凤楼; 韩玉真; 来鲁华 北京大学物理化学研究所 【期刊】生物化学与生物物理进展 1999-02-25

9 用氨基酸加和法计算多肽的脂水分配系数 陶鹏; 王任小; 来鲁华 北京大学物理化学研究所 【期刊】物理化学学报 1999-05-15

10 分析蛋白质-蛋白质相互作用界面的新方法 高莹; 王任小; 来鲁华 北京大学化学与分子工程学院物理化学研究所; 北京大学化学与分子工程学院物理化学研究所 分子动态与稳态结构国家重点实验室; 分子动态与稳态结构国家重点实验室; 北京100 【期刊】物理化学学报 2002-08-30

11 有机化合物脂水分配系数logP的计算 来鲁华; 王任小; 唐有祺 北京大学物理化学研究所 【期刊】物理化学学报 1994-11-30

12 计算有机化合物脂水分配系数的新方法 王任小; 傅瑛; 来鲁华 北京大学物理化学研究所 【期刊】物理化学学报 1997-01-30

13 促生长激素释放素三维定量构效关系及药效团模型 刘亮; 王任小; 来鲁华; 李崇熙 北京大学化学与分子工程学院 【期刊】物理化学学报 1997-12-30

荣誉奖励：

1． 2001年获美国Cap CURE癌症基金会Young Investigator Award。

2． 2001年获中国教育部“全国优秀博士学位论文”奖。

3． 2006年获上海市科委“浦江人才”奖。

4． 2006年入选中国科学院“百人计划”择优支持。

5． 2009年获Eli Lilly公司亚洲优秀毕业研究生导师奖。

6． 2009年获明治乳业生命科学奖。

7． 2009年获中国药学会-施维雅青年药物化学家奖。

8． 2010年获SCOPUS“青年科学之星”荣誉称号。

9． 2010年获药明康德“生命化学研究奖”三等奖。

资料更新中……

媒体报道：

险峰纵然三千丈坚信自有登顶时——记中国科学院上海有机化学研究所课题组长王任小研究员

一个经济实力雄厚、拥有13亿人口的泱泱大国，医药产业的规模位居世界前列，但是创制新药的能力却与西方发达国家存在明显差距，这是我国医药行业最大的隐痛。这种状况深深地触动了不少在生物医药领域前行的科研工作者，这其中就包括在中国科学院上海有机化学研究所工作的王任小研究员。王任小研究员目前为生命有机化学国家重点实验室课题组长，博士生导师。目前他正领导着他的课题组，开展药物分子设计以及化学生物学等方面的基础研究。其研究成果为药物分子设计提供了更先进的工具，对于提高我国新药创制领域的整体技术水平，追赶世界先进水平都具有非常现实的意义。

王任小研究员于1989年保送入北京大学化学学院学习，于1994年获得理学学士学位。同年保送为北京大学化学学院研究生，师从唐有祺院士，从事计算机辅助药物分子设计方面的研究，于1999年7月获得理学博士学位。1999年至2005年先后在美国加利福尼亚大学洛杉矶分校化学系、美国乔治敦大学医学中心以及美国密西根大学医学院进行博士后研究以及工作。

王任小于2005年入选中国科学院“百人计划”，其后加入中国科学院上海有机化学研究所工作至今。之所以选择回国工作，用王任小研究员的话说是怀抱着报效祖国的梦想以及对我国在新药创制领域现状的一种不甘心。回国之后，王任小研究员凭借扎实的学术功底、与国际水平接轨的丰富科研经验以及中科院上海有机化学研究所先进的科研设备和技术条件，很快就领导课题组打开了局面，取得了丰硕的科研成果。

前沿学科闪耀科学光芒

当今随着各种基础学科的发展，新药研发早已进入了理性药物设计阶段。与以往主要依靠盲目筛选发现活性化合物不同，合理药物设计充分依据生物化学、酶学、分子生物学、遗传学信息学以及计算化学等学科的研究成果，针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物作用靶点以及药物作用的生理机制，通过参考内源性配体或活性天然产物的化学结构特征等方法，设计出合理的药物分子。

计算机辅助药物设计（computer-aideddrugdesign,CADD）的出现使得理性药物设计取得了重大的突破。计算机辅助药物设计是指借助计算机技术，依靠分子模拟、化学信息学和生物信息学等技术手段，对有机小分子配体与生物大分子受体相互作用、药物分子的结构-活性关系、疾病的生物靶标分子的性质等进行计算、分析和预测，从而指导新型药物的发现，减少盲目性，提高新药研发的整体效率。该学科是化学、生物学、药学、物理学以及计算机科学的交叉学科，对于研究者的专业基础提出了极大的挑战。该学科自20世纪80年代以来得到蓬勃发展，目前已经具备完整的体系。它为合理设计药物分子提供了理论依据和方向，降低了药物开发的成本，缩短了药物开发的时间，在新药研发中已经得到了医药工业界和学术界的广泛应用，为人类攻克一些顽症提供了新的思路和成功的希望。

王任小研究员在攻读博士学位时就确定了计算机辅助药物分子设计作为其研究主攻方向并坚持至今。王任小研究员擅长以分子模拟、生物信息学和化学信息学为手段，研究重要生物大分子的功能和机制以及有机小分子与生物大分子之间的相互作用。自参加科研工作十余年来，他主持发展了多种药物分子设计中的关键方法，其中近年来的代表工作有：蛋白-配体亲合性打分函数X-Score、有机化合物脂水分配系数计算方法XLOGP、先导化合物结构优化方法AT&T软件和PDBbind-CN数据库。这些成果已获得国家计算机软件著作权9项，拥有来自世界上三十多个国家超过4000名注册用户。这些用户中许多来自国际上著名的大学、研究机构以及大型医药公司，形成了广泛的国际影响。

另外，王任小研究员也具有丰富的药物分子设计实践经验。他选择与重大疾病过程相关的生物大分子作为靶标，运用计算机辅助药物设计方法并结合必要的化学和生物实验手段，设计可以有效调节这些靶标分子功能的有机小分子化合物，并成功获得了多类具有活性的化合物，近年来申请国家发明专利6项。王任小研究员课题组已经初步建立了理论结合实践的整体研究框架，并获得了丰硕的科研成果。

励精图治催熟累累硕果

科研道路从来不是一帆风顺的坦途，要想取得好的成绩也绝不可能一蹴而就。王任小研究员深知“成功是99﹪的汗水加上1﹪的灵感”。在他所从事的基础科学研究领域中就更是如此。他从不好高骛远、贪图虚名，而是奉献科学，埋头苦干，踏踏实实地走好每一步。为了一个好的构想，他可以废寝忘食地在实验室里潜心钻研数周；为了论证一种可能，他可以不畏艰辛地验证一次又一次。失败了，不气馁，总结教训，重新再来；成功了，不满足，汲取经验，再攀高峰……

“宝剑锋从磨砺出，梅花香自苦寒来。”多年的辛勤科研换来的是一系列丰硕的成果：王任小研究员已在Proc.Natl.Acad.Sci.,J.Am.Soc.Chem.,J.Med.Chem.,J.Chem.Inf.Model.等国际国内核心刊物上发表学术论文70余篇，合计被引用超过2700次，H指数为23。王任小研究员早在2001年就获得过中国教育部颁发的“全国百篇优秀博士论文”奖，同年又获得美国CapCURE基金会颁发的青年科学家奖。自回国在中科院上海有机化学研究所担任课题组长开展科研工作以来，王任小研究员先后获得了中科院“百人计划”择优支持以及上海市科委“浦江人才”计划支持。

由于工作成绩优异，近年来他又先后获得了数项竞争性强的知名科研奖项。2009年王任小研究员获得第十二届中国药学会“施维雅青年药物化学奖”。中国药学会“施维雅青年药物化学奖”是由中国药学会与法国施维雅研究院共同设立的，每年评选一次，旨在鼓励中国优秀青年药物化学工作者立足于中国国内，致力于中国新药的研究。该奖设立十年多来，有力推动了我国优秀青年药物化学工作者的健康成长和发展。2010年，王任小研究员获得了“SCOPUS青年科学之星”奖项。SCOPUS寻找青年科学之星活动于2009年由中国科学院科学新闻杂志以及爱思唯尔公司科技部联合设立，是近年来中国第一个围绕40岁以下青年科学家举办的评选活动。该奖项的评审根据公开、公平、公正的原则，奖励本年度授予环境科学、生命科学、信息科学、气候变化科学以及材料科学领域共50名青年科学家。在本年度的评选中，王任小研究员入围生命科学领域前三甲，荣获“辉瑞青年科学之星成长奖”。同年王任小研究员又获得了药明康德“生命科学研究奖”，这同样是份量很重的一个奖项。该奖项由我国生物医药界的旗舰级公司药明康德新药开发有限公司设立，奖励在化学、生命科学、医学、药学及相关科技领域中的科学研究、技术创新与开发、研究成果推广应用、实现高新技术产业化、科学技术普及等方面取得成果或者做出贡献的在校或在职优秀青年科技人才。自2007年设立以来，该奖项每年评选一次。2010年该奖项颁发给17名我国在药物化学领域中做出杰出贡献的科学家。王任小研究员是这批获奖者中比较年轻的，充分说明了他不俗的科研实力。

由于他的科研工作的广泛国际影响，王任小研究员目前受邀担任国际刊物《ChemMedChem》和《MolecularInformatics》的顾问编委，并担任《J.Med.Chem.》《J.Chem.Theor.Comput.》《J.Chem.Inf.Model.》《Med.Res.Rev.》等近20种国内外核心学术期刊的审稿专家。他密切关注国际上相关研究的最新成果和动向，并在国内发表和传播，没有一丝懈怠。正是这种不断进取、不断开拓、永不止步的精神，使他的课题组可以取得追踪甚至赶超国际先进水平的成果。

精英团队共铸“科研利舰”

谈到取得的成绩，王任小研究员谦虚地说：“我之所以能取得一点成绩，真的全靠我的团队”。王任小研究员领导的课题组由固定科研人员、博士后和研究生相结合组成，是一支年轻的、具有多学科专业知识的科研团队。人才优势是这个科研团队的核心灵魂。目前王任小研究员课题组承担以及参与多项国家自然科学基金委、科技部以及上海市科委的科研项目。在国家各级部门的资助以及各位成员的努力下，该课题组不懈进取，为我国药物分子设计学科的发展贡献着一份不可或缺的力量。

王任小研究员课题组目前拥有充足的计算机硬件资源以及一批与国际水平接轨的分子模拟软件。在计算机硬件资源方面，课题组拥有Linux集群式服务器2套（>400CPU）以及一批高性能图形桌面工作站。在药物分子设计软件方面，该课题组拥有齐全的主流商用软件如Sybyl、DiscoveryStudio/PipelinePilot、Schrodinger、MOE、分子对接软件GOLD、量子化学软件Gaussian09以及MDL数据库系统。MDL数据库系统内容丰富，囊括了天然产物数据库、中草药成份数据库、毒性数据库、代谢数据库、CMC、MDDR等多种数据库，能提供提供数百万种有机化合物的信息。这些一流的硬件资源和软件资源为王任小研究员课题组进行高性能药物分子设计提供了先进的技术条件。同时，王任小研究员课题组也拥有必要的有机合成以及生物学实验设备。该课题组依托生命有机化学国家重点实验室有利的外部环境，积极在有机合成、分子生物学以及结构生物学等方面与其他课题组开展合作。王任小研究员课题组近年来从事抗肿瘤分子靶向药物的研发，针对Bcl-2蛋白家族等潜在药物靶标，目前已获得了多种类型的活性先导化合物，已经申请国家发明专利多项，并在积极将这些先导化合物发展为候选药物。

在拥有一流的硬件资源和软件资源、雄厚的科研实力的前提下，王任小研究员正准备广纳贤才，让更多有志于从事药物分子设计以及新药研发的科研人员加入课题组，进一步发展和完善药物分子设计的理论和方法，研究与重大疾病过程相关的生物靶标，努力攻克新药创制领域中的难题。

众多优秀人才齐聚一堂，如何才能最大限度地发挥出每个人的聪明才智和创造能力？王任小研究员表示：取长补短，交流合作是关键。做学问不是一个人闭门造车就行的。成功的经验拿出来分享可以激发出更多的创造灵感，精诚合作才会产生“1+1>2”的效应。王任小研究员课题组内部定期开展小组讨论会，交流科研进展。在小组讨论会上，课题组成员交流各自的科研进展，讨论最新发表的重要论文。许多灵感就是在这样的思维碰撞中产生的。课题组平时也会组织郊游、休闲和运动等集体活动，一方面使课题组成员在紧张的工作之余得以放松，另一方面也增进了课题组成员之间的和谐关系。王任小研究员课题组正是这样注重交流、精诚合作、群策群力、锐意进取，从而铸造出一艘有战斗力的“科研利舰”，攻克了一个又一个的科研难关。

莘莘年轻学子是科研工作未来的希望。尤其对于新兴学科，让刚刚接触科研工作的研究生对其产生兴趣，进而深入学习和研究，是传承学科、既往开来的必要环节。王任小研究员以培育英才为己任，以谦虚谨慎的治学态度、一丝不苟的科研精神、追求卓越的崇高理念，以身作则地感染、激励着课题组中的研究生们。当课题组中每一名研究生顺利获得博士或者硕士学位时，他们总是由衷地感叹是王老师在过去几年中给予了他们前进的动力，树立了他们学习的榜样。如今，从王任小研究员课题组毕业的学生有些在欧美著名大学或研究机构中继续深造，有些加盟知名医药公司投身新药创制事业。

“路漫漫其修远兮，吾将上下而求索”。药物分子设计研究具有深远的科学价值以及广阔的应用前景。王任小研究员凭借他对科学的热爱，在科研之路上执着前行，必定会攻克重大科学难题，实现他心中的梦想。

文章来源：《科学中国人》2011年第23期