论文专著：
在Mol. Cell. Proteomics、EMBO、Cancer Research、Proteomics、BMC Bioinformatics等核心期刊发表论文80余篇，主编、主审专著2部、参编多部。
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1 Modular Analysis of the Probabilistic Genetic Interaction Network 侯琳; 汤超; 王霖; 钱敏平; 李栋; 朱云平; 邓明华; 李方廷 北京大学数学科学学院; 北京大学理论生物中心; 军事医学科学院北京放射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组国家重点实验室; California Institute for Quantitative Biosciences; University of California; San Francisco; CA 94158; Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences; Department of Biochemistry and Biophysics; 北京大学统计科学中心; 北京大学物理学院 【会议】第四届全国生物信息学与系统生物学学术大会论文集 2010-10-06
2 多维液相色谱及液相色谱-离子阱质谱法研究人胎肝线粒体蛋白质组 张养军; 石蓉; 孟庆芳; 王京兰; 蔡耘; 朱云平; 贺福初; 钱小红 军事医学科学院放射医学研究所基因组与蛋白质组研究室; 军事医学科学院放射医学研究所基因组与蛋白质组研究室 【会议】中国质谱学会第七届会员代表大会暨学术报告会论文集 2004-10-01
3 串联质谱图谱从头测序算法研究进展 孙汉昌; 张纪阳; 刘辉; 张伟; 徐长明; 马海滨; 朱云平; 谢红卫 国防科学技术大学机电工程与自动化学院自动控制系; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室 【期刊】生物化学与生物物理进展 2010-12-15
4 蛋白质质谱分析的无标记定量算法研究进展 张伟; 张纪阳; 刘辉; 孙汉昌; 徐长明; 马海滨; 朱云平; 谢红卫 国防科学技术大学机电工程与自动化学院自动控制系; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室 【期刊】生物化学与生物物理进展 2011-06-24 15:41
5 基于马尔科夫链的胰蛋白酶肽段蛋白酶切位点概率预测 刘辉; 张纪阳; 孙汉昌; 徐长明; 张伟; 马海滨; 朱云平; 谢红卫 国防科学技术大学机电工程与自动化学院; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室 【期刊】生物物理学报 2011-06-30
6 肿瘤相关生物学通路的发现和建模 郭昊; 朱云平; 李栋; 贺福初 军事医学科学院放射与辐射医学研究所蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心 【期刊】遗传 2011-06-27 14:26
7 分子生物学实验技术仿真应用研究进展 刘辉; 张纪阳; 朱云平; 谢红卫 国防科学技术大学机电工程与自动化学院; 北京蛋白质组研究中心 【期刊】系统仿真学报 2010-02-08
8 一种基于基因表达模型识别酵母细胞周期条件特异调控子网的方法(英文) 刘齐军; 王正华; 刘万霖; 李栋; 贺福初; 朱云平 国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室; 蛋白质组学国家重点实验室; 北京蛋白质组研究中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 复旦大学生物医学科学研究所 【期刊】生物化学与生物物理进展 2010-04-15
9 生物医学命名实体识别的研究与进展 郑强; 刘齐军; 王正华; 朱云平 国防科学技术大学并行与分布处理国家重点实验室; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室 【期刊】计算机应用研究 2010-03-15
10 Liverbase:人类肝脏蛋白质组数据库应用系统的研发 王雪; 刘齐军; 朱云平 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 蛋白质组学国家重点实验室; 北京蛋白质组研究中心; 国防科学技术大学; 分布与并行处理国防重点实验室 【期刊】军事医学科学院院刊 2010-06-25
11 一种新的度量生物复杂网络模块性的方法 刘齐军; 王正华; 郭昊; 孙汉昌; 刘万霖; 朱云平 并行与分布处理国家重点实验室; 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 国防科学技术大学机电工程与自动化学院自动控制系 【期刊】计算机工程与科学 2010-08-15
12 一种基于KEGG数据库重构代谢网络的新方法 周婷婷; 容健锋; 王正华; 董蕴源; 王勇献; 朱云平 并行与分布处理国家重点实验室; 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 香港理工大学计算学系 【期刊】计算机工程与科学 2010-08-15
13 蛋白质相互作用信息的文本挖掘研究进展 李满生; 刘齐军; 李栋; 刘培磊; 朱云平 军事医学科学院放射与辐射医学研究所北京蛋白质组研究中心; 蛋白质组学国家重点实验室; 国防科学技术大学计算机学院 【期刊】中国科学:生命科学 2010-09-15
14 蛋白质相互作用网络进化分析研究进展 刘中扬; 李栋; 朱云平; 贺福初 蛋白质组学国家重点实验室; 北京蛋白质组研究中心; 北京放射医学研究所 【期刊】生物化学与生物物理进展 2009-01-15
15 基于稳定同位素标记与质谱分析的蛋白质定量算法研究进展 杨星; 张纪阳; 朱云平; 谢红卫 国防科学技术大学机电工程与自动化学院; 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所 【期刊】分析化学 2009-01-15
16 转录因子结合位点生物信息学研究进展 侯琳; 钱敏平; 朱云平; 邓明华 北京大学数学科学学院; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 北京蛋白质组研究中心; 蛋白质组学国家重点实验室; 北京大学理论生物学中心 【期刊】遗传 2009-04-15
17 鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展 李宁; 吴松锋; 朱云平; 杨晓明 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所 【期刊】生物化学与生物物理进展 2009-06-15
18 PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件(英文) 孙汉昌; 李栋; 王建; 刘中扬; 朱云平; 谢红卫; 贺福初 国防科技大学机电工程与自动化学院自动控制系; 蛋白质组学国家重点实验室; 北京蛋白质组研究中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所 【期刊】生物化学与生物物理进展 2009-12-15
19 MetaGen:从KEGG建模代谢网络的新工具(英文) 周婷婷; 容健锋; 陈振冲; 王正华; 朱云平; 贺福初 国防科学技术大学并行与分布式处理国家重点实验室; 蛋白质组学国家重点实验室; 北京蛋白质组研究中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 香港理工大学计算学系 【期刊】生物化学与生物物理进展 2010-01-15
20 蛋白质组学质谱平台肽段可检测性预测研究进展 徐长明; 张纪阳; 刘辉; 孙汉昌; 朱云平; 谢红卫 国防科学技术大学机电工程与自动化学院; 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所 【期刊】分析化学 2010-02-15
21 蛋白质组研究中离子阱串联质谱数据搜库结果解释方法 张纪阳; 朱云平; 谢红卫; 贺福初 国防科学技术大学机电工程与自动化学院; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 北京蛋白质组研究中心北京 【期刊】生物物理学报 2006-08-30
22 色谱保留时间预测模型在肽段鉴定结果验证中的应用 张纪阳; 朱云平; 谢红卫; 贺福初 国防科学技术大学机电工程与自动化学院; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所 长沙; 北京蛋白质组研究中心; 北京蛋白质组研究中心 【期刊】军事医学科学院院刊 2007-02-25
23 密码子偏性的分析方法及相关研究进展 吴宪明; 吴松锋; 任大明; 朱云平; 贺福初 沈阳农业大学生物科学技术学院; 北京蛋白质组研究中心; 北京蛋白质组研究中心; 北京蛋白质组研究中心 【期刊】遗传 2007-04-30
24 蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略 马洁; 吴松锋; 朱云平 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 蛋白质组学国家重点实验室 北京蛋白质组研究中心北京; 蛋白质组学国家重点实验室 北京蛋白质组研究中心北京 【期刊】生物化学与生物物理进展 2007-08-15
25 基于微阵列数据构建基因调控网络 刘万霖; 李栋; 朱云平; 贺福初 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心北京放射医学研究所; 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心北京放射医学研究所; 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心北京放射医学研究所 北京 【期刊】遗传 2007-12-15
26 系统生物学研究中不同组学数据的整合 刘伟; 朱云平; 贺福初 国防科技大学机电工程与自动化学院; 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所 长沙; 蛋白质组学国家重点实验室; 北京蛋白质组中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所 【期刊】中国生物化学与分子生物学报 2007-12-20
27 基因调控网络的模块化组织研究 王正华; 刘齐军; 朱云平 国防科技大学并行与分布处理国家重点实验室; 军事医学科学院放射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室 长沙; 军事医学科学院放射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室 【期刊】遗传 2008-01-15
28 信号转导网络的生物信息学分析 刘伟; 李栋; 朱云平; 贺福初 国防科技大学机电工程与自动化学院; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 北京蛋白质组研究中心; 蛋白质组学国家重点实验室 【期刊】中国科学(C辑:生命科学) 2008-11-15
29 离子阱串联质谱仪质荷比测量误差统计分析 张纪阳; 朱云平; 谢红卫; 贺福初 国防科学技术大学机电工程与自动化学院; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所 长沙; 北京蛋白质组研究中心; 北京蛋白质组研究中心 【期刊】生物信息学 2008-03-15
30 一种可用于评估肽质量指纹谱数据的方法——反转错位数据库 吴松锋; 薛晓芳; 张纪阳; 应万涛; 马洁; 钱小红; 朱云平; 贺福初 军事医学科学院放射与辐射医学研究所 蛋白质组学国家重点实验室; 北京蛋白质组研究中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 蛋白质组学国家重点实验室 【期刊】分析化学 2008-04-15
31 22周孕龄人胎肝表达序列标签数据更新与初步分析 陈廷贵; 吴松锋; 周钢桥; 朱云平; 贺福初 蛋白质组学国家重点实验室; 北京蛋白质组研究中心; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所 【期刊】科学通报 2008-09-23
32 RPLC-SDS-PAGE整体蛋白质分离与纳升毛细管液相色谱-串联质谱联用技术的研究及应用 张养军; 李文瑞; 孟庆芳; 邓新宇; 田英华; 王京兰; 杨兵; 蔡耘; 朱云平; 贺福初; 钱小红 军事医学科学院放射医学研究所基因组与蛋白质组研究室; 军事医学科学院放射医学研究所基因组与蛋白质组研究室; 军事医学科学院放射医学研究所基因组与蛋白质组研究室 北京 【期刊】生命科学仪器 2005-04-30
33 一种规模化蛋白质组分离和鉴定新方法研究及其应用 张养军; 石蓉; 孟庆芳; 王京兰; 蔡耘; 朱云平; 贺福初; 钱小红 军事医学科学院放射医学研究所基因组与蛋白质组研究室; 军事医学科学院放射医学研究所基因组与蛋白质组研究室; 军事医学科学院放射医学研究所基因组与蛋白质组研究室 北京 【期刊】分析化学 2005-10-25
媒体报道：
蛋白质组研究中的“清道夫”——记北京蛋白质组研究中心朱云平研究员课题组
朱云平，北京放射医学研究所研究员，硕士生导师，北京蛋白质组研究中心（蛋白质组学国家重点实验室）生物信息学研究室PI。中国生物化学与分子生物学学会蛋白质组学专业委员会委员，中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会委员，研究方向为蛋白质组生物信息学及系统生物学，已在Mol. Cell. Proteomics、EMBO、Cancer Research、Proteomics、BMC Bioinformatics等核心期刊发表论文八十余篇。
承担并完成了4项国家973、863重大项目课题及1项北京市重大基础研究课题。在大规模蛋白质组数据质量控制、不同实验室来源数据整合和标准建立、蛋白质组数据库构建、蛋白质相互作用网络分析方法研究、大规模蛋白质组数据分析策略等方面已经形成了可应用的技术体系和软件平台，形成的技术平台体系、培养的人才队伍对蛋白质组学研究起到很好的基础支撑作用，为保证我国在国际人类肝脏蛋白质组计划的领导地位起到了重要作用。
获军队科技进步成果二等奖2项、北京科学技术一等奖1项、国家科技进步成果三等奖1项。获软件著作权15项。
上世纪90年代，科学家们绘制出了基因图谱，人类对生命本质的认识达到前所未有的深度，但科学家同时也发现，基因组中绝大部分基因及功能仍然处于未知状态，需要从蛋白质水平予以解释。基因组决定生命体的基本形式，而蛋白质组决定生命的多样性、复杂性及其功能。于是，继人类基因组计划之后，又一项重大的生命科学工程——蛋白质组计划“破壳而出”，开启了“全景式”揭示生命奥秘的新时代。
在对蛋白质组的研究中，有这样一个引人瞩目的群体，他们隶属国内第一家从事蛋白质组研究的专业研究机构——北京蛋白质组研究中心。该中心位于中关村生命科学园，由军事医学科学院、中国科学院、中国医学科学院、清华大学、北京大学、江中集团及北京生物技术和新医药产业促进中心共同创建，致力于研究和开发具有自主知识产权的蛋白质组和功能基因组平台，致力于建设国际一流的集蛋白质组科学研究、技术创新、人才培养、成果转化、信息交流与技术服务于一体的国家级研究中心和基地。
这是国际人类肝脏蛋白质组计划执行总部，目前，中心已经成为我国蛋白质组学国家重点实验室、全军基因组学与蛋白质组学重点实验室、“首都科技条件平台”。
都说背靠大树好乘凉，北京蛋白质组研究中心为他们的科研事业提供了绝无仅有的优渥条件，在这样一颗大树下，他们在蛋白质组学领域尽力求取知识，兢兢业业科研，将个人的理想融入蛋白质组学发展的潮流，致力于揭示研究生命科学领域的奥秘。
他们就是北京蛋白质组研究中心朱云平研究员课题组。
科研路线图：大幅提升蛋白质组质谱数据的利用率
《分子与细胞蛋白质组学》是蛋白质组学领域全球影响力最大的专业性刊物。2009年3月，朱云平研究员领导的课题组在该刊物上发表的《鸟枪法蛋白质组研究中对鉴定肽段进行验证的贝叶斯非参模型》一文，引起了业界的高度重视，该研究成果大幅提升了蛋白质组质谱数据的利用率。
大规模、高通量的蛋白质组研究产生了海量的数据，其中包含了大量的噪声，而可靠的数据是进一步生物学分析的基础。目前的分析方法均采用了过严的标准，这在降低假阳性的同时也人为地造成了数据较高的假阴性，导致大量数据浪费。因此，“在保证高可信度的前提下，最大限度地利用实验数据”一直是蛋白质组学界的追求。朱云平研究员课题组基于随机数据库策略、非参概率密度模型和贝叶斯公式，建立了串联质谱数据过滤的多元贝叶斯非参模型，将质谱数据的利用率提高了10%—40%，创造了目前该领域研究的最好水平。
在蛋白质组功能（网络）研究中，课题组整合了多种蛋白质相互作用证据并进而对高通量蛋白质相互作用数据的可靠性进行了分析，发展的评估方法具有比其他方法更高的特异性和覆盖率。发展完善了蛋白质相互作用网络信号转导知识挖掘的体系：首先从蛋白质相互作用网络中发现与信号转导有关的子网，然后在此基础上首次进行蛋白质相互作用网络中信号流方向的研究，并建立了一种高准确率的预测方法。该方法应用于人蛋白质相互作用网络后，他们首次得到了一个人蛋白有向相互作用网络，并据此推测出了大量潜在的信号通路。该有向网络中相互作用的方向性得到了现有的信号转导网络数据库的很好的支持。这项研究，不仅能够推断出蛋白质相互作用网络中大量的潜在信号通路，而且从结构和功能等角度提供了对信号转导网络的全新理解。
生命科学宏图：建立肝脏的综合知识库
肝炎是中国第一大疾病，肝癌为中国恶性肿瘤的第二号杀手。为寻找治疗肝脏疾病的金钥匙，2002年11月，当时年仅40周岁、中国科学院最年轻的贺福初院士在国际会议上提出了“人类肝脏蛋白质组计划”，并赢得了与会代表的广泛支持。
人类肝脏蛋白质组计划的实施，将会发掘出一批重要的功能蛋白，发现一批全新的药物靶标，催生一批治疗药物，为肝病预防、诊疗提供新策略、新技术，从而大大降低肝脏领域疾病医疗成本，提升中国和世界人民的健康水平。
目前，朱云平研究员领导的课题组关于人肝脏蛋白质组生物信息学的研究取得了初步进展。课题组建立了蛋白质表达、修饰、定位、相互作用等系列数据库，产出了世界上规模最大、内容最丰富的人体重要组织器官－肝脏的蛋白质组数据库，从多方面提供了系统的信息及直接的实验证据，为全面解读人类基因组、揭示生命信息从基因组到蛋白质组的调控规律提供了重要基础。同时，建立了可供各质谱实验室使用的蛋白质组数据管理、分析及展示的软件系统ProteomeView，免费提供给学术界使用。
课题组整合肝脏相关的基因组学、肝脏转录组学、肝脏蛋白质组学、肝脏相关的通路及肝脏疾病等五部分生物学知识，构建了LiverAtlas数据库——肝脏相关的生物学综合知识库。基于LiverAtlas数据库中所储存的信息进行深入的数据挖掘和分析，旨在寻找与肝脏生理和病理相关的规律。从系统生物学角度对比和分析肝癌组织与非癌肝脏组织的基因表达数据，挖掘肝癌进展与基因表达形式之间的关系，发现肝癌候选功能基因，另一方面，利用分子间的共表达关系，构建肝癌候选功能基因的相互作用网络，发现与肝癌密切相关的分子特征，并应用这些特征数据建立肝癌预测模型，从而为早期诊断肝癌提供依据，并有助于提高对肝癌的治疗水平。
在对生物学网络的功能模块性进行了分析之后，课题组提出了功能模块性的度量指标体系和判定准则，给出了功能模块的定义原则和方法，并将指标和准则应用于生物学网络，结果发现了酵母转录因子调控网络、蛋白质相互作用网络的功能模块性特征，并给出了多个物种的代谢网络功能模块性与进化之间关系。
另外，他们采用生物信息学的手段就基于代谢网络的系统发育重建方法中代谢网络重建和网络间进化距离确定这两个关键步骤进行了深入研究。设计了一种基于KEGG数据库、快速可靠地重建代谢网络的新方法；根据该方法开发了两款针对不同研究目的的新的代谢网络重建软件；在分析有向网络中酶进化保守性与拓扑重要性的关系的基础上建立了一种新的进化距离确定模型，并借鉴信息检索中特征项提取的研究思想进一步提出了一种新的系统发育重建模型。
在谈到对生物信息学课题组本身的评价及未来几年的规划时，朱云平研究员说，像人类蛋白质组计划这种大科学工程，高通量、大规模地产出海量复杂数据，从中得到可靠的核心数据集是进一步生物学分析的基础。
其实验室目前致力于为学术界提供可靠的、全面的、成系列的蛋白质组数据集，同时提供一系列的数据库、分析工具和平台，为有效地分析和利用我国及世界上的蛋白质组数据提供有力的支撑和保障。
课题组将依托蛋白质组学国家重点实验室，整合基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等数据，进行肝脏的系统生物学研究。抓住“国家蛋白质科学基础设施”建设的契机，建立国家蛋白质组信息资源中心，建成大型蛋白质组信息学综合服务平台，为大科学计划提供从全流程实验数据、资源与项目管理、海量数据共享与计算服务到交叉领域合作，从基本数据挖掘到系统生物学分析的生物信息学全面解决方案。3－5年内着重建设肝脏综合数据库。
朱云平研究员说，其课题组目前就像清道夫，为生命科学的攻关扫清道路，而今后则将为成为生命科学研究的尖兵而努力。
文章来源：《科学中国人》2011年第24期
朱云平，男，1969年12月9日生于湖南娄底，现任北京蛋白质组研究中心（蛋白质组学国家重点实验室）生物信息学研究室PI，研究员、硕士生导师。
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