为了规范联盟中有机生产基地生产过程中生产资料的使用，联盟委托中国农业大学有机农业技术研究中心组织编写了《有机农业生产资料使用手册》。手册内容主要包括有机生产用肥和有机农业生产植物保护产品两个部分。其中有机生产用肥具体分为底肥、冲施肥、叶面肥和矿质肥四大类，有机农业生产植物保护产品具体分为杀虫剂、杀菌剂两大类，每种产品就其特点与功能、适用范围、使用方法与注意事项作了详尽介绍。另外根据中国农业大学有机农业技术研究中心长期以来试验及技术研究的成果，掌握及验证了对部分害虫及病菌有效的生物和物理防治方法，具体方法在此生产资料手册中也一并进行了说明。

《有机农业生产资料使用手册》中所涉及的有机生产资料产品主要来源于中国有机农业产业发展联盟的会员企业。