论文专著：
发表学术论文100余篇，其中SCI核心期刊60余篇。
出版专著： 
1.《数量分类的方法与程序》 武汉大学出版社 1990
2.《水生植被研究的理论与方法》 华中师范大学出版社 1992
3.《分支分类的理论与方法》 科学出版社 1994
4.《简明生物信息学》 高等教育出版社 2001
5.《分子进化与系统发育》 高等教育出版社 2002
6.《生物信息学》 高等教育出版社 2003
7.《基因, 女郎, 伽莫夫》 上海科技教育出版社 2003
8.《基因计算》 上海科技教育出版社 2005
9.《林肯的DNA》 上海科技教育出版社 2005
10.《计算分子进化》 复旦大学出版社 2008
发表论文：
英文：
1. Jung, S., Perkins, S., Zhong, Y., Pramanik, S., Beaman, J. H. 1995. A new data model for biological classification. Computer Applications in Biosciences (CABIOS) 11: 237-246.
2. Zhong, Y., Jung, S, Pramanik, S, Beaman, J H. 1996. Data model and comparison and query methods for interacting classifications in a taxonomic database. Taxon 45(2): 223-241.
3. Zhong, Y., Meacham, C. A., Pramanik, S. 1997. A general method for tree-comparison based on subtree similarity and its use in a taxonomic database. BioSystems 42: 1-8.
4. Zhong, Y., Luo, Y., Pramanik, S., Beaman, J. H. 1999. HICLAS: a taxonomic database system for displaying and comparing biological classification and phylogenetic trees. Bioinformatics 15(2): 149-156.
5. Zhong, Y., Shi, S. H., Tang, X. H., Huang, Y. L., Tan, F. X., Zhang, X. Y. 2000. Testing relative evolutionary rates and estimating divergence times among six genera of Rhizophoraceae using cpDNA and nrDNA sequences. Chinese Science Bulletin 45: 1011-1015.
6. Shi, S., Jin, H., Zhong, Y., He, X., Huang, Y., Tan, F., Boufford, D. E. 2000. Phylogenetic relationships of the Magnoliaceae inferred from cpDNA matK sequences. Theoretical and Applied Genetics 101: 925-930.
7. Sang, T., Zhong, Y. 2000. Testing hybridization hypotheses based on incongruent gene trees. Systematic Biology 49: 422-434.
8. Cui, X. H., Zhong, Y., Chen, J. K. 2000. Influence of a catastrophic flood on densities and biomasses of three plant species in Poyang Lake, China. Journal of Freshwater Ecology 15: 537-541.
9. He, Z. C., Zhang, X. Y., Zhong, Y., Ye, L. 2000. Phylogenetic relationships of Actinidia and related genera based on micromorphological characters of foliar trichomes. Genetic Resources and Crop Evolution 47: 627-639.
10. Wang, J. B., Wang, C., Shi, S. H., Zhong, Y. 2000. ITS regions in diploids of Aegilops (Poaceae) and their phylogenetic implications. Hereditas 132: 209-213.
11. Wang, J. B., Wang, C., Shi, S. H., Zhong, Y. 2000. Evolution of parental ITS regions of nuclear rDNA in allopolyploid Aegilops (Poaceae) species. Hereditas 133: 1-7.
12. Zhong, Y., Zhang, L., Su, D. M. 2000. Collaborations tailored for bioinformatics projects. Science 290: 2074. (Letter)
13. Shi, S., Huang, Y., Zhong, Y., Du, Y., Zhang, Q., Chang, H., Boufford, D.E. 2001. Phylogeny of the Altingiaceae based on cpDNA matK, PY-IGS and nrDNA ITS sequences. Plant Systematics and Evolution 230: 13-24.
14. Wu, J., Liang, Y., Zhong, Y., Fu, C., Chen, J. 2002. Advances in phylogenetic studies of Nematoda. Chinese Science Bulletin 47: 10-15.
15. Huang, Y., Shi, S., Zhong, Y., Tan, F. 2002. A new method for preparation of template DNA for PCR from special plant materials. Chinese Science Bulletin 47: 725-727.
16. Shi, S., Zhong, Y., Huang, Y., Du, Y., Qiu, X., Chang, H. 2002. Phylogenetic relationships of the Rhizophoraceae in China based on sequences of the chloroplast gene matK and the internal transcribed spacer regions of nuclear ribosomal DNA and combined data set. Biochemical Systematics and Ecology 30: 309-319.
17. Zhong, Y., Zhao, Q., Shi, S., Huang, Y., Hasegawa, M. 2002. Detecting evolutionary rate heterogeneity among mangroves and their close terrestrial relatives. Ecology Letters 5(3): 427-432.
18. Nan, P., Peng, S., Zhang, Y., Zhong, Y. 2002. Composition of volatile oil of Primula obconica in Central China. Natural Product Letters 16(4): 249-253. (Corresponding author)
19. Tian, C., He, X., Zhong, Y., Chen, J. 2002. Effects of VA mycorrhizae and Frankia dual inoculation on growth and nitrogen fixation of Hippophae Tibetan. Forest Ecology and Management 176: 307-312.
20. Yang, J., Huang, J., Gu, H., Zhong, Y., Yang, Z. 2002. Duplication and adaptive evolution of the chalcone synthase genes of Dendranthema (Asteraceae). Molecular Biology and Evolution 19: 1752-1759.
21. Tan, F., Shi, S., Zhong, Y., Gong, X., Wang, Y. 2002. Phylogenetic relationships of Combretoideae (Combretaceae) inferred from plastid, nuclear gene and spacer sequences. Journal of Plant Research 115: 475-481.
22. Nan, P., Shi, S., Peng, S., Tian, C., Zhong, Y. 2003. Genetic diversity in Primula obconica from Central and South-west China as revealed by ISSR markers. Annals of Botany 91: 329-333. (Corresponding author)
23. Nan, P., Peng, S., Shi, S., Ren, H., Yang, J., Zhong, Y. 2003. Interpopulation congruence in Chinese Primula ovalifolia revealed by chemical and molecular markers using essential oils and ISSRs. Zeitschrift fur Naturforschung 58c: 57-61. (Corresponding author)
24. Tian, C., He, X., Zhong, Y., Chen, J. 2003. Effect of inoculation with ecto- and arbuscular mycorrhizae and Rhizobium on the growth and nitrogen fixation by black locust, Robinia pseudoacacia. New Forests 25: 125-131.
25. Zhong, Y., Zhang, X., Ma, J., Zhang, L. 2003. Rapid development of bioinformatics education in China. Journal of Biological Education 37: 75-79.
26. Zhang, X., Zhong, Y., Chen, J. 2003. Fanwort in Eastern China: an invasive aquatic plant and potential ecological consequences. AMBIO 32: 158-159.
27. Lei, Y., Nan, P., Tsering, T., Bai, Z., Tian, C., Zhong, Y. 2003. Chemical composition of the essential oils of two Rhodiola species from Tibet. Zeitschrift fur Naturforschung 58c: 161-164. (Corresponding author)
28. Yu, X. J., Luo, C., Lin, J., Hao, P., He, Y., Guo, Z., Qin, L., Su, J., Liu, B., Huang, Y., Nan, P., Li, C., Xiong, B., Luo, X., Zhao, G., Pei, G., Chen, K., Shen, X., Zou, J., He, W., Shi, T., Zhong, Y., Jiang, H., Li, Y. 2003. Putative hAPN receptor binding sites in SARS_CoV spike protein. Acta Pharmacologica Sinica 24: 481-488. (One of corresponding authors)
29. Qin, L., Xiong, B., Luo, C., Guo, Z. M., Hao, P., Su, J., Nan, P., Feng, Y., Shi, Y. X., Yu, X. J., Luo, X. M., Chen, K. X., Shen, X., Shen, J. H., Zou, J, P., Zhao, G. P., Shi, T. L., He, W. Z., Zhong, Y., Jiang, H. L., Li, Y. X. 2003. Identification of probable genomic packaging signal sequence from SARS_CoV genome by bioinformatics analysis. Acta Pharmacologica Sinica 24: 489-496. (One of corresponding authors)
30. Yuan, C., Nan, P., Shi, S., Zhong, Y. 2003. Chemical composition of the essential oils of two Chinese endemic Meconopsis species. Zeitschrift fur Naturforschung 58c: 313-315. (Corresponding author)
31. Pang, J., Wang, Y., Zhong, Y., Hoelzel, A. R., Papenfuss, T. J., Zeng, X., Ananjeva, N. B., Zhang, Y. P. 2003. A phylogeny of Chinese species in the genus Phrynocephalus (Agamidae) inferred from mitochondrial DNA sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution 27: 398-409.
32. Ren, W., Zhong, Y., Meligrana, J., Anderson, B., Watt, W. E., Chen, J., Leung, H. L. 2003. Urbanization, land use, and water quality in Shanghai: 1947-1996. Enviroment International 29: 649-659.
33. Shi, S., Du, Y., Boufford, D. E., Gong, X., Huang, Y., He, H., Zhong, Y. 2003. Phylogenetic position of Schnabelia, a genus endemic to China: Evidence from sequences of cpDNA matK gene and nrDNA ITS regions. Chinese Science Bulletin 48: 1576-1580. (Corresponding author)
34. Tang, T., Zhong, Y., Jian, S., Shi, S. 2003. Genetic diversity of Hibiscus tiliaceus (Malvaceae) in China assessed using AFLP makers. Annals of Botany 92: 409-414.
35. The Chinese SARS Molecular Epidemiology Consortium. 2004. Molecular evolution of the SARS coronavirus during the course of the SARS epidemic in China. Science 303: 1666-1669. (Equal first author)
36. Tian, C., Nan, P., Chen, J., Zhong, Y. 2004. Volatile composition of Chinese Hippophae rhamnoides and its chemotaxonomic implications. Biochemical Systematics and Ecology 32: 431-441. (Corresponding author)
37. Tian, C., Lei, Y., Shi, S., Nan, P., Chen, J., Zhong, Y. 2004. Genetic diversity of sea buckthorn (Hippophae rhamnoides) populations in northeastern and northwestern China as revealed by ISSR markers. New Forests 27: 229-237. (Corresponding author)
38. Lei, Y., Nan, P., Tsering, T., Wang, L., Liu, S., Zhong, Y. 2004. Interpopulation variability of rhizome essential oils in Rhodiola crenulate from Tibet and Yunnan, China. Biochemical Systematics and Ecology 32: 611-614. (Corresponding author)
39. Jian, S., Tang, T., Zhong, Y., Shi, S. 2004. Variation in inter-simple sequence repeat (ISSR) in mangrove and non-mangrove populations of Heritiera littoralis (Sterculiaceae) from China and Australia. Aquatic Botany 79: 75-86.
40. He, S., Liu, H., Chen, Y., Kuwahara, M., Nakajima, T., Zhong, Y. 2004. Molecular phylogenetic relationships of Eastern Asian Cyprinidae (Pisces: Cypriniformes) inferred from cytochrome b sequences. Science in China Ser. C 47: 130-138.
41. Zhao, J., Nan, P., Zhong, Y. 2004. Chemical composition of the essential oils of Clausena lansium from Hainan Island, China. Zeitschrift fur Naturforschung 59c: 153-156. (Corresponding author)
42. Nan, P., Hu, Y., Zhao, J., Feng, Y., Zhong, Y. 2004. Chemical composition of the essential oils of two Alpinia species from Hainan Island, China. Zeitschrift fur Naturforschung 59c: 157-160. (Corresponding author)
43. Qin, Z., Zhong, Y., Zhang, J., He, Y., Wu, Y., Jiang, J., Chen, J., Luo, X., Qu, D. 2004. Bioinformatics analysis of two-component regulatory systems in Staphylococcus epidermidis. Chinese Science Bulletin 49: 1267-1271. (Corresponding author)
44. Zhang, Y., Zheng, N., Hao, P., Zhong, Y. 2004. Reconstruction of the most recent common ancestor sequences of SARS-Cov S gene and detection of adaptive evolution in the spike protein. Chinese Science Bulletin 49: 1311-1313. (Corresponding author)
45. Cao, S., Qin, L., He, W., Zhong, Y., Zhu, Y., Li, Y. 2004. Semantic search among heterogeneous biological databases based on gene ontology. Acta Biochimica et Biophysica Sinica 36: 365-370.
46. Wang, L., Jian, S., Nan, P., Zhong, Y. 2004. Chemical composition of the essential oil of Elephantopus scaber from southern China. Zeitschrift fur Naturforschung 59c: 327-329. (Corresponding author)
47. Tian, C., Nan, P., Shi, S., Chen, J., Zhong, Y. 2004. Molecular genetic variation in Chinese populations of three subspecies of Hippophae rhamnoides. Biochemical Genetics 42: 259-267. (Corresponding author)
48. Ren, Z., Ma, E., Guo, Y., Zhong, Y. 2004. A molecular phylogeny of Oxya (Orthoptera: Acridoidea) in China inferred from partial cytochrome b gene sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution 33: 516-521.
49. Tang, T., Huang, J., Zhong, Y., Shi, S. 2004. High-throughput S-SAP by fluorescent multiplex PCR and capillary electrophoresis in plants. Journal of Biotechnology 114: 59-68.
50. Chen, Z., Li, B., Zhong, Y., Chen, J. 2004. Local competitive effects of introduced Spartina alterniflora on Scirpus mariqueter at Dongtan of Chongming Island, the Yangtze river estuary and their potential ecological consequences. Hydrobiologia 528: 99-106.
51. Zhang, L., Wu, G., Xu, Y., Li, W., Zhong, Y. 2004. Multilingual collection retrieving via ontology alignment. Lecture Notes in Computer Science 3334: 510-514.
52. Chen, Y., Zhong, Y., Tian, B., Yang, J., Li, D. 2005. Statistical analysis on adaptive evolution of SQUA genes in angiosperms. Progess in Natural Science 15: 93-96. (Corresponding author)
53. Fu, C., Luo, J., Wu, J., Lopez, A., Zhong, Y., Lei, G., Chen, J. 2005. Phylogenetic relationships of salangid fishes (Osmeridae, Salanginae) with comments on phylogenetic placement of the salangids based on mitochondrial DNA sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution 35: 76-84.
54. Xiong, B., Hou, H., Zhong, Y. 2005. The effect of water depth on seedling emergence and early growth of Vallisneria natans in a eutrophic lake with reduced transparency. Journal of Freshwater Ecology 20: 123-127.
55. Hao, P., He, W., Huang, Y., Ma, L., Xu, Y., Xi, H., Wang, C., Liu, B., Wang, J., Li, Y., Zhong, Y. 2005. MPSS: an integrated database system for surveying a set of proteins. Bioinformatics 21: 2142-2143. (Corresponding author)
56. Zhang, M., Wang, J., Li, Z., Xie, J., Yang, Y., Zhong, Y., Wang, H. 2005. Expression and characterization of the carboxyl esterase Rv3487c from Mycobacterium tuberculosis. Protein Expression and Purification 42: 59-66.
57. Zhang, Y., Zheng, N., Hao, P., Cao, Y., Zhong, Y. 2005. A molecular docking model of SARS-CoV S1 protein in complex with its receptor, human ACE2. Computational Biology and Chemistry 29: 254-257. (Corresponding author)
58. Bai, Z., Nan, P., Zhong, Y. 2005. Chemical composition of the essential oil of Rhodiola quadrifida from Xinjiang, China. Chemistry of Natural Compounds 41: 418-419. (Corresponding author)
59. Li, Z., Liu, Q., Song, M., Zheng, Y., Nan, P., Cao, Y., Chen, G., Li, Y., Zhong, Y. 2005. Detecting correlation between sequence and expression divergences in a comparative analysis of human serpin genes. Biosystems 82: 226-234. (Corresponding author)
60. Wang, L., Jian, S., Nan, P., Liu, J., Zhong, Y. 2005. Chemotypical variability of leaf oils in Elephantopus scaber from 12 locations in China. Chemistry of Natural Compounds 41: 491- 493. (Corresponding author)
61. Wang, Q., Wang, L., Zhou, R., Zhao, X., Shi, S., Yang, Y., Zhong, Y. 2005. Phylogenetic position of Ephedra rhytidosperma, a species endemic to China: evidence from chloroplast and ribosomal DNA sequences. Chinese Science Bulletin 50: 2901-2904. (Corresponding author)
62. Li, Z., Wang, L., Zhong, Y. 2005. Detecting horizontal gene transfer with T-REX and RHOM programs. Briefings in Bioinformatics 6: 394-401. (Corresponding author)
中文：
1 我国生物信息学教育的发展与挑战 钟扬; 王莉; 李作峰 计算机教育 2006-09-10
2 西藏蒿属六种植物精油化学成分分析及抑菌效果 沈灵犀; 扎西次仁; 耿宇鹏; 钟扬; 南蓬 复旦学报(自然科学版) 2010-02-15
3 中国东部的水盾草:一种入侵的水生植物及其潜在的生态后果 张晓艳; 钟扬; 陈家宽 AMBIO-人类环境杂志 2003-03-15
4 麻黄属rbcL基因的适应性进化检测与结构模建 刘念; 王庆彪; 陈婕; 朱勇; 扎西次仁; 胡祎瑶; 陈凡; 钟扬 科学通报 2010-05-15
5 应用比较基因组分析检测乙型肝炎病毒中可能的重组事件 叶琳; 张原; 梅旖; 南蓬; 钟扬 科学通报 2010-05-15
6 使君子科(Combretaceae)风车子亚科(Combretoideae)分子系统学研究:来自叶绿体基因与核基因序列的证据 谈凤笑; 钟扬; 施苏华 第七届全国系统与进化植物学青年学术研讨会论文摘要集 2002-11-01
7 用三个基因组的DNA序列探讨十萼花的系统发育位置 彭雅林; 陈之端; 龚洵; 钟扬; 施苏华 第七届全国系统与进化植物学青年学术研讨会论文摘要集 2002-11-01
8 SARS冠状病毒S基因的最近共同祖先序列重建及Spike蛋白的适应性进化检测 张原; 郑楠; 郝沛; 钟扬 2004年中国科学院新生病毒性疾病控制学术讨论会摘要集 2004-10-01
9 分子进化分析中的若干统计学问题与解决方案 钟扬 全国系统与进化植物学研讨会暨第九届系统与进化植物学青年研讨会论文摘要集 2006-08-01
10 青蒿素及其衍生物的抗疟机制研究进展 韩利平; 黄强; 曾丽艳; 钟扬; 卫海滨; 南蓬 自然科学进展 2009-01-15
11 最短路径法在水稻ABA和环境胁迫条件下基因应答网络研究中的应用 张晓鹏; 黄智星; 周杰; 修乃华; 钟扬; 陈凡 植物学报 2009-03-10
12 新甲型H1N1流感病毒血凝素基因(HA)突变网络结构 流感研究上海协作组; 何云刚; 丁国徽; 边超; 黄忠; 蓝柯; 孙兵; 王学才; 李亦学; 王红艳; 王小宁; 杨忠; 钟扬; 金维荣; 熊慧; 戴建新; 郭亚军; 王皓; 车小燕; 吴凡; 袁政安; 张曦; 曹志伟; 周晓农; 周佳海; 马志永; 童光志; 赵国屏; 金力 科学通报 2009-06-30
13 从战争中学习战争 赵国屏; 钟扬 科学通报 2009-06-30
14 甲型H1N1流感病毒HA蛋白结构模建与构象表位分析 流感研究上海协作组; 吴迪; 徐天磊; 孙静; 戴建新; 丁国徽; 何云刚; 周正峰; 熊慧; 董辉; 金维荣; 边超; 金力; 王红艳; 王小宁; 杨忠; 钟扬; 王皓; 车小燕; 黄忠; 蓝柯; 孙兵; 吴凡; 袁政安; 张曦; 周晓农; 周佳海; 马志永; 童光志; 郭亚军; 赵国屏; 李亦学; 曹志伟 科学通报 2009-06-30
15 一种利用RT-PCR特异扩增甲型流感病毒HA基因多变区片段并测序确定分型的方法 流感研究上海协作组; 严安; 丁国徽; 周正峰; 董辉; 张亚坤; 祝雷; 何云刚; 边超; 张国庆; 李亦学; 孙兵; 黄忠; 蓝柯; 金力; 王红艳; 王小宁; 杨忠; 钟扬; 戴建新; 郭亚军; 王皓; 车小燕; 吴凡; 袁政安; 张曦; 曹志伟; 周晓农; 周佳海; 马志永; 童光志; 赵国屏; 金维荣; 熊慧 科学通报 2009-06-30
16 人类与病毒共舞 钟扬 中国企业家 2009-06-05
17 利用8个基因的DNA序列探讨南洋杉科的系统发育关系和起源时间 刘念; 朱勇; 魏宗贤; 陈婕; 王庆彪; 简曙光; 周党卫; 施婧; 杨永; 钟扬 科学通报 2009-07-23
18 人乳头瘤病毒58型的系统地理学分析 李燕云; 李作峰; 何以丰; 康玉; 张晓燕; 程明军; 钟扬; 徐丛剑 中国科学(C辑:生命科学) 2009-07-15
19 生物信息学与系统生物学在植物抗旱研究中的应用 钟扬 生物物理学报 2009-07-15
20 达尔文进化论的科学本质与贡献 钟扬 生命世界 2009-11-15
21 基于恶性疟原虫全基因组蛋白信息预测青蒿素的潜在抗疟靶点 韩利平; 黄强; 南蓬; 钟扬 科学通报 2009-09-30
22 用叶绿体和核糖体DNA序列探讨中国特有植物斑子麻黄的系统位置 王庆彪; 王莉; 周仁超; 赵晓敏; 施苏华; 杨永; 钟扬 科学通报 2006-01-15
23 核糖体蛋白rpl15cDNA序列在真骨鱼类系统进化研究中的价值 向筑; 张竞男; 宋平; 胡珈瑞; 钟扬 遗传 2006-02-28
24 基于语义路径覆盖的Gene Ontology术语间语义相似性度量方法 李荣; 曹顺良; 李园园; 谭灏; 朱扬勇; 钟扬; 李亦学 自然科学进展 2006-07-30
25 应用最大似然法检测丙肝病毒包膜蛋白编码基因的适应性进化 张文娟; 张原; 钟扬 科学通报 2006-08-30
26 西藏红景天植物资源及其利用 琼次仁; 扎西次仁; 索朗白珍; 中普穷; 德央; 钟扬 西藏大学学报(汉文版) 2006-09-30
27 引用率低说明了什么? 钟扬 中国高等教育评估 2006-12-01
28 顺式调控元件对“头对头”基因对共表达的影响 郝沛; 余曜; 张晓艳; 屠康; 范海威; 钟扬 中国科学(C辑:生命科学) 2008-11-15
29 蛱蝶科亚科间的分歧时间估计 张敏; 曹天文; 金科; 任竹梅; 郭亚平; 施婧; 钟扬; 马恩波 科学通报 2008-08-08
30 用mtDNA COⅡ基因序列确定我国北部湾红树植物白骨壤虫灾虫源 昝启杰; 任竹梅; 李后魂; 李罡; 王勇军; 王莉; 钟扬 自然科学进展 2008-12-15
31 倘若生命失去节律 钟扬; 赵佳媛 生命世界 2008-10-15
32 生命的节拍 耿宇鹏; 钟扬 生命世界 2008-10-15
33 两种快速的密码子检索方法 刘雄恩; 张文娟; 钟扬 复旦学报(自然科学版) 2008-06-15
34 贵州省八个种群角倍蚜ISSR遗传多样性 王定江; 杨汉远; 钟扬; 任竹梅 生态学杂志 2008-10-15
35 睡莲类植物ITS nrDNA序列的分子系统发育分析 唐先华; 张晓艳; 施苏华; 钟扬; 赖旭龙 地球科学 2003-01-25
36 用cpDNA matK基因和nrDNA ITS区序列确定我国特有植物四棱草属的系统位置 施苏华; 杜雅青; David Bufford; 龚洵; 黄椰林; 何航航; 钟扬 科学通报 2003-06-15
37 微生物系统发育多样性及其保护生物学意义 田春杰; 陈家宽; 钟扬 应用生态学报 2003-04-30
38 SARS病毒中S蛋白的hAPN受体接合功能域分析(英文) 俞晓晶; 罗成; 林建成; 郝沛; 何有裕; 郭宗明; 秦磊; 苏炅; 刘博书; 黄音; 南蓬; 李传松; 熊斌; 罗小民; 赵国屏; 裴刚; 陈凯先; 沈旭; 沈建华; 左建平; 何伟忠; 石铁流; 钟扬; 蒋华良; 李亦学 Acta Pharmacologica Sinica 2003-06-30
39 用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列(英文) 秦磊; 熊斌; 罗成; 郭宗明; 郝沛; 苏炅; 南蓬; 冯颖; 石忆湘; 俞晓晶; 罗小民; 陈凯先; 沈旭; 沈建华; 左建平; 赵国屏; 石铁流; 何伟忠; 钟扬; 蒋华良; 李亦学 Acta Pharmacologica Sinica 2003-06-30
40 基于细胞色素b基因序列的鲤科鱼类系统发育研究(鱼纲:鲤形目) 何舜平; 刘焕章; 陈宜瑜; Masayuki Kuwahara; Tsuneo Nakajima; 钟扬 中国科学C辑:生命科学 2004-02-20
41 表皮葡萄球菌双组分调控系统的生物信息学分析 秦智强; 钟扬; 张健; 何有裕; 吴旸; 江娟; 陈洁敏; 罗小民; 瞿涤 科学通报 2004-05-30
42 利用DNA序列构建系统树的方法 李涛; 赖旭龙; 钟扬 遗传 2004-03-28
43 SARS冠状病毒S基因的最近共同祖先序列重建及Spike蛋白的适应性进化检测 张原; 郑楠; 郝沛; 钟扬 科学通报 2004-06-15
44 被子植物SQUA类基因适应性进化的统计检测 陈永燕; 钟扬; 田波; 杨继; 李德铢 自然科学进展 2004-09-25
45 高等植物中的萜类化合物及其在生态系统中的作用 彭少麟; 南蓬; 钟扬 生态学杂志 2002-06-11
46 用核糖体DNA的ITS序列探讨滇桐属的系统学位置 袁长春; 施苏华; 钟扬; 龚洵 中山大学学报(自然科学版) 2002-11-25
47 网络环境下媒体的人力资源能力建设 钟扬; 叶海滨 金华职业技术学院学报 2002-07-02
48 生物复杂性研究动态 王莉; 张晓艳; 钟扬; 南蓬 生物多样性 2002-05-21
49 特大洪水对鄱阳湖水生植物三个优势种的影响 崔心红; 钟扬; 李伟; 陈家宽 水生生物学报 2000-07-20
50 生物多样性信息学:一个正在兴起的新方向及其关键技术 钟扬; 张亮; 任文伟; 陈家宽 生物多样性 2000-11-21
51 线虫系统发育研究进展 吴纪华; 梁彦龄; 钟扬; 傅萃长; 陈家宽 科学通报 2001-07-15
52 一种从特殊植物材料中制备PCR模板的新方法 黄椰林; 施苏华; 谈凤笑; 钟扬 科学通报 2001-12-30
53 Camellia nitidissima与C.petelotii之间的关系研究——来自nrDNA ITS的证据 唐绍清; 钟扬; 施苏华; 张宏达 武汉植物学研究 2001-12-25
54 分子钟假说与化石记录 唐先华; 赖旭龙; 钟扬; 李涛; 杨淑娟 地学前缘 2002-06-30
55 小麦A,B,D基因组可能供体种的高分子量麦谷蛋白亚基基因进化式样的分析 李婷; 张文驹; 卢宝荣; 钟扬; 陈家宽 复旦学报(自然科学版) 2002-10-25
56 野生大豆若干耐盐生理指标的研究 张美云; 钱吉; 钟扬; 郑师章 复旦学报(自然科学版) 2002-12-25
57 南宋士大夫知识结构研究 钟扬 复旦大学 2009-05-18
58 外类群对构建基因树的影响 钟扬; 唐先华; 施苏华; 黄椰林; 谈凤笑 中山大学学报(自然科学版) 1999-01-25
59 高等植物中的萜类化合物及其在生态系统中的作用 彭少麟; 南蓬; 钟扬 生态学杂志 2002-06-11
60 一个中药信息系统原型的初步设计与实现 余清清; 钟扬 武汉植物学研究 1999-02-25
61 相对速率检验方法与实用程序 唐先华; 黄德世; 张晓艳; 钟扬; 杨继 武汉植物学研究 1999-11-25
62 红树科6属cpDNA和nrDNA序列相对速率检验及分歧时间估计 钟扬; 施苏华; 唐先华; 黄椰林; 谈凤笑; 张晓艳 科学通报 2000-01-15
63 特大洪水对鄱阳湖水生植物三个优势种的影响 崔心红; 钟扬; 李伟; 陈家宽 水生生物学报 2000-07-20
64 叶绿体DNA片段的RFLP分析在黄精族系统学研究中的应用 吴世安; 吕海亮; 杨继; 饶广远; 尤瑞麟; 葛颂; 钟扬 植物分类学报 2000-04-20
65 中国猕猴桃属植物叶表皮毛微形态特征及数量分类分析 何子灿; 钟扬; 刘洪涛; 唐先华; 叶力; 黄德世; 徐立铭 植物分类学报 2000-04-20
66 山羊草属异源多倍体物种核rDNAITS区的进化 王超; 王建波; 施苏华; 钟扬 植物分类学报 2000-06-20
67 山羊草属二倍体物种核rDNAITS区序列及其系统发育关系分析 王超; 施苏华; 王建波; 钟扬 植物学报 2000-05-30
68 衣藻属的系统发育分析——基于形态形状和nrDNA ITS序列 张弛; 胡鸿钧; 李中奎; 李夜光; 钟扬 武汉植物学研究 2000-06-25
69 斧头湖水生植物考察 钟扬; 李伟 植物杂志 1994-02-20
70 湖北斧头湖湖滨湿地水田碎米荠群落的定量分析 李伟; 钟扬 水生生物学报 1995-09-20
71 湖北斧头湖湖滨湿地植物的联结与相关分析 李伟; 钟扬 武汉植物学研究 1995-02-25
72 植物分类信息系统概述 钟扬 植物学通报 1995-12-30
73 交互分类信息系统和电子植物志的设计与实现──Ⅱ.分类排列和"系统学处理"软件系统 洪亚平; 钟扬; 陈之端 武汉植物学研究 1998-11-25
74 传统药物及天然产物信息系统间的交互运行技术 钟扬; 余清清; 彭勇; 肖培根 中国中医药信息杂志 1998-04-15
75 中国海菜花属植物的性状分析 何景彪; 孙祥钟; 王徽勤; 钟扬; 黄德世 武汉植物学研究 1992-07-01
76 斧头湖挺水植被的群落学研究——Ⅰ.菰群落(Com.Zizania latifolia)的结构 李伟; 周进; 王徽勤; 钟扬 武汉植物学研究 1992-07-01
77 湖南、江西普通野生稻居群变异的数量分类研究 周进; 汪向明; 钟扬 武汉植物学研究 1992-09-30
78 中国慈姑属系统发育的研究 钟扬; 陈家宽; 邹洪才; 李伟 武汉植物学研究 1992-09-30
79 斧头湖挺水植被的群落学研究——Ⅱ.莲群落Com. Nelumbo nucifera的结构 李伟; 周进; 王徽勤; 钟扬 武汉植物学研究 1992-09-30
80 天然保鲜剂对猕猴桃贮藏效果的影响 吴立廉; 刘世叶; 张敬芬; 钟扬; 洪树荣; 严光琼 武汉植物学研究 1992-12-30
81 斧头湖挺水植被的群落学研究 Ⅲ.菰群落(Com. Zizania Iatifolia)的生物量动态及生产量测定 李伟; 周进; 王徽勤; 钟扬 武汉植物学研究 1993-10-01
82 湖北省油橄榄适生气候的主成分分析 钟扬; 陈卓良 湖北农业科学 1986-07-30
83 电子计算机在植物学中的应用 钟扬 武汉植物学研究 1986-10-01
84 荷花品种的模糊聚类分析 钟扬; 张晓艳 华中农业大学学报 1986-12-31
85 植物群落演替过程的预测模型 钟扬; 何芳良 预测 1986-12-15
86 荷花品种的数量分类研究 钟扬; 张晓艳 武汉植物学研究 1987-04-02
87 荷花品种综合评选的数学模型 张晓艳; 黄国振; 钟扬 北京林业大学学报 1988-07-01
88 国内植物数量生态学研究概况 钟扬 武汉植物学研究 1988-04-01
89 生态系统演替过程的数学模型 何芳良; 钟扬 武汉植物学研究 1988-07-01
90 植物栽培区划的模糊数学模型——以油橄榄(Olea europaea L.)为例(英文) 钟扬; 陈卓良; 柯善强; 莫雅澜 武汉植物学研究 1988-09-30
91 图论在中国慈姑属数量分类研究中的应用 黄德世; 钟扬; 陈家宽 武汉植物学研究 1988-12-30
92 正交拉丁方实验在猕猴桃组织培养中的应用 洪树荣; 钟扬; 傅俊; 柯善强 武汉植物学研究 1990-07-02
93 计算机辅助分支分析:方法和程序 钟扬; 黄德世 武汉植物学研究 1990-07-02
94 睡莲目的数量分支分类学研究 钟扬; 张晓艳; 黄德世 生物数学学报 1990-12-31
95 矮慈菇居群的数量分类研究 钟扬; 陈家宽 广西植物 1991-12-31
96 海菜花属的分支学研究 何景彪; 孙祥钟; 钟扬; 黄德世 武汉植物学研究 1991-07-02
97 我国内陆水生植被研究概况 李伟; 钟扬 武汉植物学研究 1991-10-01
98 中国慈姑属的数量分类研究 陈家宽; 孙祥钟; 王徽勤; 钟扬; 黄德世 武汉大学学报(自然科学版) 1988-04-01
99 浸水条件下禾本科种子发芽力的分类学意义 H.T.Clifford; 钟扬 种子 1989-10-23
100 世界慈姑属植物的数量分类研究 李伟; 陈家宽; 钟扬; 黄德世 武汉大学学报(自然科学版) 1990-10-01
101 海菜花Ottelia acuminata(Gagnep.)Dandy的种下分类研究 何景彪; 孙祥钟; 钟扬; 黄德世 武汉大学学报(自然科学版) 1991-10-01
钟扬，湖南新宁人，1964年5月出生。现任复旦大学生命科学学院常务副院长、教授，植物学和生物信息学博士生导师，生物多样性与生态工程教育部重点实验室副主任，上海生物信息技术研究中心副主任；兼任北京大学理论生物学中心教授、中国科学院华南植物研究所博士导师、西藏大学教授等。
科学研究：
荣誉奖励：