论文专著：
发表学术论文80余篇，主编、出版著作7部。 
出版专著：
1． 《畜禽重大疫病生物技术防 治研究》（不同载体质粒对基因免疫活性影响的研究）张芳 周志红 昌增益 郑昌学中国农业科技出版社 1998年
2． 《外星生命探索-20世纪对地球以外生命的争论》李经 昌增益 李纬 清华大学出版社 2001年
3． 《生物技术世纪》（原著：Rifkin J.）付立杰 陈克勤 昌增益 上海科技教育出版社 2000年
4． 《二十世纪生物学的分子革命——分子生物学所走过的路》(法)米歇尔?莫朗热著 昌增益译 科学出版社 2002年
5． 《医学分子生物学》（有关蛋白质部分的三章）（复旦大学查锡良教授主编）昌增益 人民教育出版社 2003年
6． 《蛋白质、酶和基因化学与生物学的交互作用》（美）弗鲁顿著，昌增益译 清华大学出版社 2005年
7． 《Lehninger生物化学原理》(原著：Nelson, D. L. and Cox, M. M.)（第三版）周海梦 昌增益 江凡 孟安明 常智杰 余冰宾 高等教育出版社 2005年
发表英文论文：
1 、 Chang, Z ., Nygaard, P., Chinault, A. C., and Kellems, R. (1991)“Deduced Amino Acid Sequence of Escherichia coli Adenosine Deaminase Reveals Evolutionarily Conserved Amino Acid Residues: Implications for Catalytic Function” Biochemistry, 30(8):2273-2280. (IP=4.008)
2 、 Sharff, A. J., Wilson, D. K., Chang, Z. and Quiocho, F. A. (1992) “Refined 2.5 A Structure of Murine Adenosine Deaminase at pH 6.0” J. Mol. Biol. , 226(4):917-921.
3 、 Chouhary, A., Vyas, M. N. Vyas, N. K. Chang, Z . and Quiocho, F.A. (1994) “Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Analysis of the 38-kDa Immunodominant Antigen of Mycobacterium tuberculosis ” Protein Science, 3(12):2450-2451.
4 、 Chang, Z., Choudhary, A. Lathigra, R. and Quiocho, F.A. (1994) “The Immunodominant 38-kDa Lipoprotein Antigen of Mycobacterium tuberculosis Is a Phosphate-binding Protein” J. Biol. Chem. , 269(3):1956-1958. (IP=6.355)
5 、 Sideraki, V., Mohamedali, K.A.,Wilson, D.K., Chang, Z. , Kellems, R.E., Quiocho, F.A., and Rudolph, F.B. (1996) “Probing the Functional Role of Two Conserved Active Site Aspartates in Mouse Adenosine Deaminase” Biochemistry , 35(4):7862-7872.
6 、 Chang, Z., Primm, T.P., Jakana, J., Lee, I.H., Chiu, W., Gilb ert, H.F., and Quiocho, F.A. (1996) “ Mycobacterium tuberculosis 16-kDa Antigen (HSP16.3) Functions as an Oligomeric Structure in Vitro to Suppress Thermal Aggregation” J. Biol. Chem. , 271(12):7218-7223 (IP=6.355)
7 、 Chang, Z., Wilson, D.K., Kellems, R.E., and Quiocho, F.A. (1997) “Cysteine not Required for the Catalytic Activity of Adenosine Deaminase” Tsinghua Science and Technology (published in English) , 2(1):441-446.
8 、 Hong, W., Jiao, W., Hu, J., Zhang, J., Liu, C., Fu, X., Shen, D., Xia, B., and Chang, Z . (2005) “Periplasmic Protein HdeA Exhibits Chaperone-like Activity Exclusively within Stomach pH Range by Transforming into Disordered Conformation” , J. Biol. Chem., 280(29):27029-27034. (IP=6.355)
9 、 Fu, X. and Chang ,Z. (2005) “Phylogenetic and biochemical studies reveal a potential evolutionary origin of animal small heat shock proteins from bacterial class A” J. Mol. Evol. , in press . (IP=2.751)
10 、 Chen, X., Fu, X., Ma, Y., and Chang, Z . (2005) “ Chaperone-like activity of Mycobacterium tuberculosis Hsp16.3 does not require its intact (native) structures”, Biochemistry -Moscow,70(8):913-919. (IP=1.058)
11 、 Jiao, W., Li, P., Zhang, J., Zhang, H., Chang, Z . (2005) “Small Heat Shock Proteins Function in the Insoluble Protein Complex”, Biochem Biophys Res Commun ,335(1):227-231. (IP=2.904)
12 、 Fedurkina, N.V., Belousova, L.V., Mitskevich, L.G., Zhou, H.-M., Chang, Z ., and Kurganov, B.I. (2006) “The change in the kinetic regime of protein aggregation with temperature increase: Thermal aggregation of rabbit muscle creatine kinase”, Biochemistry -Moscow , in press.
13 、 Zhang, X., Zheng, Y., and Chang, Z. (2006) “Peptide Induced Conformational Changes of E. coli DegP (HtrA) Protease”, Progress in Biochemistry and Biophysics , 33(2):183-189.
14 、 Yang, H., Huang, S., Dai, H., Gong, Y., Zheng, C., and Chang, Z . (1999), “The Mycobacterium tuberculosis small heat shock protein HSP16.3 Exposes Hydrophobic Surfaces at Mild Conditions: Conformational Flexibility and Molecular Chaperone Activity”, Protein Science , 8 （ 1 ） :174 － 179. (IP=4.116)
15 、 Zhang, X.,Fu, X., Zhang, H., Liu, C. Jiao, W., and Chang, Z. (2005) “Chaperone-like Activity of β -Casein”, International Journal of Biochemistry and Cell Biology , 37:1232-1240. (IP=3.578)
16 、 Fu, X., Zhang, X., and Chang, Z. (2005) “4'-dianilino-1,1'-binaphthyl-5,5'-sulfonate (bis-ANS), a novel molecule having chaperone-like activity”, Biochem Biophys Res Commun , 329:1087-1093. (IP=2.904)
17 、 Jiao ， W., Qian, M., Li, P., Zhao, L., and Chang, Z . (2005) “The essential role of the flexible termini in the temperature-responsiveness of the oligomeric state and chaperone-like activity for the polydisperse small heat shock protein IbpB from Escherichia coli ” J. Mol. Biol . , 347(4):871-884. (IP=5.542)
18 、 Zhang, H. Fu, X. Jiao, W., Zhang, X., Liu, C., and Chang, Z . (2005) “The association of small heat shock protein Hsp16.3 with the plasma membrane of Mycobacterium tuberculosis : dissociation of oligomers is a prerequisite” Biochem Biophys Res Commun , 330:1055-1061. (IP=2.904)
19 、 Fu, X., Zhang, H., Zhang, X., Cao, Y., Jiao, W., Liu, C., Song, Y., Abulimiti, A., and Chang, Z. (2005) “A dual role for the N-terminal region of Mycobacterium tuberculosis Hsp16.3 in self-oligomerization and binding denaturing substrate proteins” J. Biol. Chem . , 280 (8) :6337-6348. (IP=6.355)
20 、 Fu, X. and Chang , Z (2005) “Identification of a highly conserved Pro-Gly in non-animal small heat shock proteins and characterization of its structural and functional roles in Mycobacterium tuberculosis Hsp16.3” Biochemistry -Moscow , 69(5) ： 678-685. (IP=1.058)
21 、 Wang, L., Duan, M., Zhang, Y. Lin S., and Chang, Z. (2000)“Translocation of P53-regulated laminin receptors in pro-apoptotic microcircustance of human vasculogenesis inhibition”, Cell Biology International , 24(10):745-748
22 、 Dai, H., Mao, Q., Yang, H., and Chang, Z . (2000) “Probing the Roles of the Only Universally Conserved Leucine Residue in the Oligomerization and Chaperone-like Activity of Mycobacterium tuberculosis Small Heat Shock Protein Hsp16.3”, J. Protein Chem . , 19(4):319-326 . (IP=1.099)
23 、 Chen, Y., An, J., Ding, Y., Dai, H., Mao, Q., Feng, L., Liu, B., Chang, Y., Chen, F., He, H., Tang, H., Chang, Z. , and Rao, ZH (2001) “Preliminary X-ray crystallographic studies of the Mycobacterium tuberculosis Hsp16.3 molecular chaperone” Protein and Peptide letters , 8(6):499-502.
24 、 Mao, Q., Ke, D., and Chang, Z. (2001) "Heat treatment of small heat shock proteins alpha-crystallin and Hsp16.3: Structure changes vs. Chaperone like activity" Tsinghua Science and Technology , 6(5):406-409 .
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27 、 Mao, Q., Ke, D., Feng, X. and Chang, Z. (2001) “Preheat Treatment for Mycobacterium tuberculosis Hsp16.3: Correlation Between a Structural Phase Change at 60 o C and a Dramatic Increase in Chaperone-like Activity” Biochem. Biophys. Res. Commun. , 284:942-947 . (IP=2.904)
28 、 Pan, G. J., Chang, Z.Y. , Scholer, H.R., and Pei, D. Q. (2002) “Stem cell pluripotency and transcription factor Oct4” Cell Research 12(5-6):321-329. （ IP=1.936 ）
29 、 Xiu, Z., Chang, Z., Zeng, A. (2002) "Nonlinear Dynamics of Regulations of Bacterial trp operon: Model Analysis of Integrated Effects of Repression, Feedback Inhibition, and Attenuation" Biochnol. Prog . 18:686-693 （ IP=1.635 ） .
30 、 Liu Y., Fu, X., Shen, J., Zhang, H., Hong, W., and Chang, Z . (2004) “Periplasmic proteins of Escherichia coli are highly resistant to aggregation: A reappraisal for roles of molecular chaperones in periplasm” Biochem Biophys Res Commun . 316(3):795-801. (IP=2.904)
31 、 Liu, C. He., Y. and Chang Z . (2004) Truncated hemoglobin of Mycobacterium tuberculosis : The oligomeric state change and the interaction with membrane components” Biochem Biophys Res Commun . 316:1163-1172 . (IP=2.904)
32 、 Feng, X., Huang, S. Fu, X., Abulimiti, A. and Chang, Z. (2002) "The reassembling process of the nonameric Mycobacterium tuberculosis small heat shock protein Hsp16.3 occurs via a stepwise mechanism" Biochem. J . , 363:329-334 . (IP=4.278)
33 、 Gu, L., Abulimiti, A., Li, W., and Chang, Z . (2002) "Monodisperse Hsp16.3 nonamer exhibits dynamic dissociation and reassociation, with the nonamer dissociation prerequisit for chaperone-like activity" J. Mol. Biol . 319 （ 2 ） ： 517-526 . (IP=5.542)
34 、 Chen Y, Lu YJ, Wang HW, Quan S, Chang Z , Sui SF. (2003) “Two-dimensional crystallization of a small heat shock protein HSP16.3 on lipid layer” Biochem Biophys Res Commun . 310(2):360-6.
35 、 Abulimiti, A. and Chang, Z. (2003) "Alpha-crystallin promotes the assembly of trimeric form of the Mycobacterium tuberculosis Hsp16.3 in cell free system" Biochemistry (Moscow), 68 （ 3 ）： 269-274 . (IP=1.058)
36 、 Abulimiti, A., Qiu, X., Chen, J., Liu, Y., and Chang, Z. (2003) “Reversible methionine sulfoxidation of Mycobacterium tuberculosis small heat shock protein Hsp16.3 and its possible role in scavenging oxidants” Biochem. Biophys. Res. Commun . , 305(1):87-93. (IP=2.904)
37 、 Abulimiti, A., Fu, X., Gu., L., Feng, X., and Chang, Z . (2003) " Mycobacterium tuberculosis Hsp16.3 Nonamers are Assembled and Re-assembled via Trimer and Hexamer Intermediates " J. Mol. Biol . 326(4):1013-1023 . (IP=5.542)
38 、 Fu, X. Liu, C., Liu, Y., Feng, X., Gu, L., Chen, X., and Chang, Z. （ 2003 ） “Small Heat Shock Protein Hsp16.3 Modulates Its Chaperone Activity by Adjusting the Rate of Oligomeric Dissociation”. Biochem Biophys Res Commun . 310(2):412-420. (IP=2.904)
39 、 Fu X, Li W, Mao Q, Chang Z . (2003) “Disulfide bonds convert small heat shock protein Hsp16.3 from a chaperone to a non-chaperone: implications for the evolution of cysteine in molecular chaperones” Biochem Biophys Res Commun . 308(3):627-635. (IP=2.904)
40 、 Fu, X., Jiao, W., Abulimiti, A. and Chang, Z. (2004) “Inter-subunit cross-linking suppressed the dynamic oligomeric dissociation of Mycobacterium tuberculosis Hsp16.3 and reduced its chaperone activity” Biochemistry -Moscow, 69(5) ： 552-557. (IP=1.058)
41 、 Zhang, X. and Chang Z . (2004) “Temperature-dependent protease activity and structural properties of human HtrA2 protease” Biochemistry -Moscow, 69(6):687-692. (IP=1.058)
42 、 Fu, X. and Chang, Z . (2004) “Temperature-dependent subunit exchange and chaperone-like activities of Hsp16.3, a small heat shock protein from Mycobacterium tuberculosis ” Biochem Biophys Res Commun . 316:291-299. (IP=2.904)
发表中文论文：
1 对结核杆菌小分子量热休克蛋白Hsp16.3高度保守疏水序列的定点突变研究 戴红政; 毛启龙; 杨红梅; 昌增益 清华大学生物科学与技术系; 清华大学生物科学与技术系 【会议】第七届全国生物膜学术讨论会论文摘要汇编 1999-11-01
2 结核杆菌HSP16.3分子伴侣蛋白的作用机制研究 杨红梅; 黄素芳; 戴红政; 昌增益 清华大学生物科学与技术系; 清华大学生物科学与技术系 【会议】第七届全国生物膜学术讨论会论文摘要汇编 1999-11-01
3 小分子热休克蛋白Hsp16.3在体外通过逐步递加组装成九聚体 黄素芳; 毛启龙; 古良才; 冯修光; 昌增益 清华大学生物科学与技术系“蛋白质科学”教育部重点实验室; 清华大学生物科学与技术系“蛋白质科学”教育部重点实验室 【会议】中国生物化学与分子生物学会第八届会员代表大会暨全国学术会议论文摘要集 2001-09-01
4 细菌色氨酸操纵子基因开关的数学模拟——阻遏和弱化双重作用的影响 修志龙; 昌增益; 曾安平 大连理工大学生物工程系; 清华大学生物科学与技术系; 德国国家生物技术研究中心 【会议】中国生物工程学会第三次全国会员代表大会暨学术讨论会论文摘要集 2001-06-30
5 结核杆菌小分子热休克蛋白Hsp16.3的分子伴侣作用机制 毛启龙; 昌增益 清华大学生物科学与技术系; 清华大学生物科学与技术系 【会议】中国生物化学与分子生物学会第八届会员代表大会暨全国学术会议论文摘要集 2001-09-01
6 HSP16.3基因的克隆与表达 陈效友; 马玙; 昌增益 北京市结核病胸部肿瘤研究所; 清华大学生物科学与技术系 【会议】中国防痨协会全国学术会议大会学术报告 2001-06-30
7 分子伴娘存在下蛋白质热变性的双指数动力学模型 修志龙; 昌增益 大连理工大学生物工程系; 清华大学生物科学与技术系 【会议】第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集 2002-05-01
8 卡介苗菌MDP1基因敲除技术的研究 陈效友; 李传友; 马玙; 刘冲; 王敬慧; 张雪峰; 昌增益 北京市结核病胸部肿瘤研究所; 清华大学生物系; 清华大学生物系 【会议】中国防痨杂志2003第25卷增刊——2003年中国防痨协会全国学术会议论文集 2003-06-30
9 高温条件下DegP三聚体的二维结晶及结构分析 江健森; 隋森芳; 张雪峰; 昌增益 清华大学生物科学与技术系生物膜与膜生物工程国家重点实验室; 清华大学生物科学与技术系生物膜与膜生物工程国家重点实验室; 清华大学生物科学与技术系 【会议】第十三届全国电子显微学会议论文集 2004-08-01
10 国内外生物化学教材的比较 修志龙; 昌增益; 周海梦 大连理工大学; 清华大学; 清华大学 【期刊】中国大学教学 2000-12-10
11 多肽诱导的大肠杆菌DegP(HtrA)蛋白酶的构象变化(英文) 张雪峰; 郑益新; 昌增益 清华大学生物科学与技术系; 北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室; 清华大学生物科学与技术系 北京; 北京大学生命科学学院; 北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室 【期刊】生物化学与生物物理进展 2006-02-28
12 漫谈生物技术 昌增益 清华大学生物系 主任教授、博导 【期刊】中国创业投资与高科技 2003-10-05
13 分枝杆菌中表达重组蛋白的新载体pMSL的构建 叶子坚; 刘冲; 陈效友; 昌增益 萍乡高等专科学校生化系; 清华大学生命科学与技术系; 北京市结核病与胸部肿瘤研究免疫所研究室; 北京大学生命科学院 江西萍乡 【期刊】江西农业大学学报 2005-10-30
14 卡介苗菌MDP1基因敲除技术的研究 陈效友; 李传友; 马玙; 刘冲; 王敬慧; 张雪峰; 昌增益 北京市结核病胸部肿瘤研究所细菌免疫研究室; 清华大学生物系; 清华大学生物系 【期刊】中华结核和呼吸杂志 2004-03-30
15 高温条件下DegP三聚体的二维结晶及结构分析 江健森; 隋森芳; 张雪峰; 昌增益 清华大学生物科学与技术系生物膜与膜生物工程国家重点实验室; 清华大学生物科学与技术系生物膜与膜生物工程国家重点实验室; 清华大学生物科学与技术系; 清华大学生物科学与技术系 北京 【期刊】电子显微学报 2004-08-25
16 细胞内一种耗能蛋白质降解途径的发现——2004年诺贝尔化学奖工作介绍 昌增益; 焦旺旺 北京大学生命科学学院生物化学与分子生物学系; 清华大学生物科学与技术系 北京 【期刊】生物物理学报 2004-12-30
17 Hsp16.3中一个高度保守疏水残基的定点突变 杨红梅; 毛启龙; 薛涛; 昌增益 清华大学生物科学与技术系 【期刊】清华大学学报(自然科学版) 1999-06-10
18 几种不同基因免疫途径的比较研究 段明星; 庄峰锋; 周志红; 张芳; 昌增益; 郑昌学 清华大学生物科学与技术系; 清华大学生物科学与技术系 【期刊】上海免疫学杂志 1999-10-30
19 克隆的概念,意义与进展 昌增益; 戴红政; 毛启龙; 余冰宾 清华大学生物系; 清华大学生物系 【期刊】生物学通报 1999-11-20
20 结核分支杆菌38000蛋白质抗原在大肠杆菌中高效表达 何秀云; 庄玉辉; 张晓刚; 熊志红; 昌增益 北京解放军第三○九医院; 清华大学生命科学院 【期刊】中华结核和呼吸杂志 1999-03-12
21 结核分支杆菌16000抗原基因在大肠杆菌中的高效表达及其产物纯化 熊志红; 庄玉辉; 张晓刚; 何秀云; 董恩军; 昌增益 解放军第三○九医院结核病研究室; 清华大学生物系 【期刊】中华结核和呼吸杂志 1999-11-12
22 层粘连蛋白在正常和异常人滋养上皮的不同定位与功能 王琳; 段明星; 张友忠; 孔北华; 李少玲; 高英茂; 昌增益 清华大学生命科学与技术系; 清华大学生命科学与技术系; 山东医科大学组织学与胚胎学系; 清华大学生命科学与技术? 【期刊】中国组织化学与细胞化学杂志 1999-12-30
23 结核杆菌小分子热休克蛋白Hsp16.3的高效自发再折叠和再组装 毛启龙; 冯修光; 昌增益 清华大学生物科学与技术系; 清华大学生物科学与技术系; 清华大学生物科学与技术系 蛋白质科学教育部重点实验室; 蛋白质科学教育部重点实验室 【期刊】生物化学与生物物理进展 2002-02-25
24 Leu122对Hsp16.3组装过程中亚基相互作用的影响 黄素芳; 古良才; 毛启龙; 昌增益 清华大学生命科学与技术系; 清华大学生命科学与技术系; 清华大学生命科学与技术系 “蛋白质科学”教育部重点实验室; “蛋白质科学”教育部重点实验室; “蛋白质科学”教育部重? 【期刊】中国生物化学与分子生物学报 2002-02-10
25 结核分枝杆菌Hsp16.3和38kD蛋白融合基因的克隆与表达 陈效友; 马玙; 李传友; 焦旺旺; 昌增益 北京市结核病胸部肿瘤研究所; 清华大学生物系; 清华大学生物系 【期刊】中国防痨杂志 2002-12-30
26 重组结核分支杆菌38000蛋白的理化特征与细胞免疫功能 何秀云 ; 庄玉辉 ; 张晓刚 ; 熊志红 ; 史迎昌 ; 李书琳 ; 昌增益 ; 刘农乐 ; 王仲元 解放军309医院结核病研究室; 吉林省结核病防治所; 清华大学生命科学院; 军事医学科学院基础医学研究所; （北京10009 【期刊】中国医师杂志 2002-04-25
27 重组结核分支杆菌16000蛋白抗原(rPA16)的免疫原性研究 熊志红 ; 庄玉辉 ; 张晓刚 ; 何秀云 ; 董恩军 ; 史迎昌 ; 昌增益 解放军309医院结核病研究室; 清华大学生命科学院 北京 【期刊】中国现代医学杂志 2002-04-25
28 层粘连蛋白受体在滋养层细胞肿瘤和正常绒毛血管内皮的定位意义 王琳; 段明星; 张友忠; 孔北华; 李少玲; 高英茂; 昌增益 清华大学生命科学与技术系; 清华大学生命科学与技术系; 山东医科大学附属医院妇产科 【期刊】解剖学报 2000-04-06
29 纤维粘连蛋白在人滋养上皮的不同定位与功能 王琳; 段明星; 张友忠; 孔北华; 李少玲; 昌增益 清华大学生物科学与技术系; 清华大学生物科学与技术系; 山东医科大学附属医院妇产科 【期刊】清华大学学报(自然科学版) 2000-02-29
30 微波技术在植物胞内有效成分提取中的应用 张代佳; 刘传斌; 修志龙; 昌增益 大连理工大学化工学院生物工程系; 清华大学生物科学与技术系 【期刊】中草药 2000-09-25
31 结核分支杆菌重组38000蛋白抗原诱导豚鼠迟发性超敏反应的研究 何秀云; 庄玉辉; 张晓刚; 董恩军; 熊志红; 昌增益 解放军第三○九医院结核病研究室; 清华大学生命科学院 【期刊】中华结核和呼吸杂志 2000-03-12
32 结核分支杆菌重组38000蛋白的免疫原性特征 何秀云; 庄玉辉; 张晓刚; 熊志红; 董蒽军; 史迎昌; 昌增益 清华大学生命科学院 【期刊】中华结核和呼吸杂志 2000-08-12
33 20世纪生物技术回顾与21对世纪展望 修志龙; 昌增益; 苏志国 大连理工大学生物工程系; 清华大学生物科学与技术系; 中国科学院北京化工冶金研究所生化工程国家重点实验室 【期刊】自然杂志 2000-08-15
34 线虫中的小分子热休克蛋白HSP12.1具有类分子伴侣活性 秦焱; 王慧; 昌增益 北京大学生命科学学院; 南京大学生命科学学院; 北京大学生命科学学院 北京 【期刊】生物化学与生物物理进展 2007-06-15
35 蛋白质功能研究:历史、现状和将来 马静; 葛熙; 昌增益 北京大学蛋白质科学中心北京大学生命科学学院; 北京大学蛋白质科学中心北京大学生命科学学院; 北京大学蛋白质科学中心北京大学生命科学学院 北京 【期刊】生命科学 2007-06-15
36 分枝杆菌中表达重组蛋白的新载体pMSL的构建 叶子坚; 刘冲; 陈效友; 昌增益 萍乡高等专科学校生化系; 清华大学生命科学与技术系; 北京市结核病与胸部肿瘤研究免疫所研究室; 北京大学生命科学院 江西萍乡 【期刊】江西农业大学学报 2005-10-30
37 细胞内一种耗能蛋白质降解途径的发现——2004年诺贝尔化学奖工作介绍 昌增益; 焦旺旺 北京大学生命科学学院生物化学与分子生物学系; 清华大学生物科学与技术系 北京 【期刊】生物物理学报 2004-12-30
38 基于鲫鱼应激反应建立温室效应风险评价模型 王云彪; 侯晓丽; 徐镜波; 昌增益 北京大学生命科学院; 东北师范大学城市与环境科学学院 【会议】第四届环境与发展中国(国际)论坛论文集 2008-10-18
39 多肽诱导的大肠杆菌DegP(HtrA)蛋白酶的构象变化(英文) 张雪峰; 郑益新; 昌增益 清华大学生物科学与技术系; 北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室; 清华大学生物科学与技术系 北京; 北京大学生命科学学院; 北京大学蛋白质工程和植物基因工程国家重点实验室 【期刊】生物化学与生物物理进展 2006-02-28
媒体报道一：
专访昌增益：发表在Nature子刊封面的漂亮成果
生物通报道：来自北京大学生命科学学院的昌增益教授研究组历经十载，从最初的体外实验，递进到体内实验，突破技术难题，成功捕获了一种酸性分子伴侣蛋白在酸胁迫下的“客户蛋白”，从而阐释了大肠杆菌抵御胃酸的机理。这项漂亮的成果已经公布于Nature Chemical Biology杂志，并被选为封面文章。为了更深入了解这一最新成果及其背后的故事，生物通特联系了昌增益教授，就读者感兴趣的问题请教了他。
一项漂亮的从体外到体内的递进研究工作
作为哺乳动物体内酸性最强的器官，胃所含的强酸性胃液（pH值为1-3）是人和动物抵御绝大多数微生物病菌的一道天然屏障。然而，肠道病原菌能够在强酸性的胃液下存活，并进而造成肠道感染。
大肠杆菌的变异菌株依旧严重地威胁着人类的健康，尤其是最近源于德国的致死性H104:04型大肠杆菌的爆发，在整个欧洲都造成了恐慌。对于包括大肠杆菌和志贺氏菌在内的肠道病原体微生物来说，顺利地通过人体胃液是它们对肠道进行感染的先决条件。因此，深刻理解大肠杆菌的抗酸性机理将极大地加深我们对这类病原菌的认识，为今后发展新型抗生素奠定基础。
在这篇文章中，研究人员利用开发的一种全新的蛋白质光交联探针，成功地捕捉了大肠杆菌体内的一个关键酸性分子伴侣HdeA的作用底物。研究人员还对其中的两个本身也是分子伴侣的关键“客户蛋白”DegP 和SurA进行了深入研究，发现了一种不依赖于ATP的“分子伴侣-保护分子伴侣”的独特机制，并证明细菌利用这一作用来增加其逃逸胃酸防线的成功率。
昌教授介绍说，“这种独特的机制在之前还没有类似的结果被报道。因为一般大家的印象都是，分子伴侣蛋白是很坚强的，在恶劣条件下，如高温和极端酸性等，它们需要给其它蛋白质提供保护，所以自己就无需保护。研究分子伴侣蛋白的两位科学家Franz-Ulrich Hartl and Arthur Horwich今年被授予了Lasker基础医学奖（很多获此奖的人后来都获得了诺贝尔奖；屠呦呦获得的是临床医学奖）。”
当谈到研究思路的时候，昌教授说，“我们实验室研究细菌HdeA分子伴侣蛋白抗酸机制已经有大约10年时间了。最初是由我实验室的本科生洪玮哲（清华大学生物科学与技术系）和吴叶（北京大学生命科学学院）分别开展了此项研究，他们俩人都非常优秀，现在都在美国斯坦福大学都博士（并且已经结为夫妻！）。
他们两人各自发表了一篇第一作者论文如下：
Hong, W.（洪玮哲）, Jiao, W., Hu, J., Zhang, J., Liu, C., Fu, X., Shen, D., Xia, B., and Chang, Z. (2005) “Periplasmic Protein HdeA Exhibits Chaperone-like Activity Exclusively within Stomach pH Range by Transforming into Disordered Conformation”, J. Biol. Chem., 280(29):27029-27034.
Wu, Y.（吴叶）, Hong, W.（洪玮哲，并列第一作者）, Zhang, L., and Chang, Z. (2008) “Conserved Amphiphilic Feature Is Essential for Periplasmic Chaperone HdeA to Support Acid Resistance in Enteric Bacteria”, Biochem. J., 412:389-397.
之前这两位本科生的研究主要是利用体外系统开展的，我们发表在Nature chemical biology的封面文章是在活细胞内开展的。这是一项非常漂亮的从体外到体内的递进研究工作。但在体内获得的发现却是全新的，不是我们预期的。体现了科学发现的不可预测性。”
全新蛋白质光交联探针
在低pH值条件下分析蛋白之间的相互作用是一项技术难题，昌教授他们也遇到了这方面的困难，那么他们是如何克服的呢？
昌教授等人采用了一种全新蛋白质光交联探针，据昌教授介绍，这就是一种所谓的非天然氨基酸，可以通过遗传重组技术被引入到特定蛋白质（在这里就是抗酸分子伴侣蛋白HdeA）的特定位点。当活细胞处于极端酸性条件下，他们给细胞施以紫外线照射时，该氨基酸就被激活而与附近的化学基团形成共价交联。这样就能够捕获到当时与该蛋白质相互作用的蛋白质分子，进而进行纯化，并在体外利用与质谱技术结合的蛋白质组学技术予以鉴定。
这种探针在这里非常重要，还没有任何其它技术可以达到这样的探测目的——活细胞处于极端酸性条件下与HdeA相互作用的蛋白质。这种技术对于探测细胞处于特定条件下，鉴定特定蛋白质与何种其它蛋白质相互作用是独一无二的。而这是认识活细胞内特定蛋白质的行为和功能的重要内容。
昌教授说，“几年前我让我的学生去查阅文献，了解可以探测活细胞内特定蛋白质参与的特异相互作用的实时方法，希望能捕获那些发生的短暂（或说瞬时性的）蛋白质相互作用。学生们调研到了这种方法，我们立即与美国开展此项研究的Peter Schutz教授实验室联系，获得了有关的DNA材料。不久前，我们北大化学学院化学生物学系引进了原来开展过此项研究的陈鹏特聘研究员，他也加入了北京大学的跨院系蛋白质科学中心（我是该中心的主任），很快我们就一拍即合地开始了合作。合作非常有效，很快我们就获得了有趣的结果。这样的互补性合作对于科研是非常重要的。我们在继续合作。”
其它重要成果
近期除了这项重要的成果外，昌教授课题组还在《Chemistry & Biology》杂志上（2011， 18:943-948），利用一种特殊探针分析研究线虫衰老，这项研究由昌教授实验室与美国加州大学伯克利分校化学生物学系的学者合作完成，这种探针能特异探测活细胞的细胞核内的过氧化氢的水平，对于研究衰老现象非常重要的。
昌教授表示，“从体外到体内，从定性到定量是生命科学研究未来发展的一个重要方向，但如何在活体状态下探究细胞内发生的事件，是一个目前极具挑战的领域，还需要通过学科交叉建立很多新的方法技术。我们这两篇文章都是在这样一个大的方向上的努力，取得了初步的成果。我们和这些杰出化学生物学家之间的合作，还在继续，希望能获得更有意义的成果。”
文章来源：《生物通》2011年10月09日
媒体报道二：
读未书之文，探不期之秘——访生命科学学院昌增益教授
摘要：昌增益教授现任北京大学生命科学学院副院长，虽然工作繁忙，但他对教学和科研工作都坚持精益求精，建树颇多。昌老师全英文讲授的“生物化学”是国家级精品课程，也是教育部双语教学示范课程。在采访中，他阐述了多年的教学心得，主张教师应引导学生“读出文中所未述之道，听出言者所未言之理”，分享了自己在科研以及研究生培养方面的经验和体会，认为科研工作就是挑战与乐趣并存，要在困难中思考、在挫折中前进。最后，昌教授对科学、教育与社会环境的关系以及人生感悟等方面也谈了自己多年的思考和感想。
一、全英语教学：在挑战中坚持，在改革中探索
记者：非常感谢昌老师接受我们的采访。“生物化学”是国家级精品课程，您是什么时候开始主讲的？
昌老师：从1996年回国在清华大学任教就开始了，2003年我又来到北大工作，一直教授《生物化学》这门课程。
记者：是否可以说“生命活动本质上都是化学过程？”这是否意味着“生物化学”对生命科学来说是非常基础的一门课程？
昌老师：这话有一定道理。我们知道，化学是研究物质在分子水平上的运动规律。在原子层面上，有机物和无机生物都是一样的，但是到分子水平，生命和非生命就有区分了。生命最后都是分子水平物质规律的宏观表现。所以说生物化学是生命科学各门类的共同语言。当然光从分子层面还不能完全理解生命，生命是一个高度复杂的有机整体。
生命科学专业的学生把“生物化学”、“遗传学”两门课学好，就是把基础打牢了，其它课程相对就比较好学了。“生物化学”本身是用物理、化学甚至数学的手段来理解和研究生命。在生命科学的“分子革命”之后，其它所有学科包括一些宏观的生态学、保护生物学等都要从分子水平去重新理解学科内在的规律及机制。所以生物化学的确是生物专业里面最重要的基础课。
记者：化学实际上是相当古老的科学，而化学过程对于生命的重要性也是早就发现的，为什么分子生物学在近年来才开始非常迅速的发展呢？
昌老师：就学科发展的成熟程度而言，化学、物理学都比生物学要更“古老”。在早期，尤其在十九世纪中期之前，大家认为生命跟非生命是截然不同的，不能用化学、物理学的方法和理论来研究生命现象，所以那时候没有多少物理学家和化学家来研究生命问题。到了十九世纪末期，大家发现实际上生命活动可以“分割”成一个个比较简单的物理、化学过程，发现生命活动原来可以这样研究，于是就有大批的化学家、物理学家开始研究生命问题，继而促进我们今天在分子水平上对生命现象的认识。近些年生物化学和分子生物学的快速发展，跟物理、化学技术在分子水平上的进展关系很大，物理学和化学提供的理论和研究手段对生命科学的研究是至关重要的。
记者：“生物化学”是全英语教学示范课，您一开始就是全英文讲授吗？
昌老师：最开始是授课和板书都是中文，教材选用英文的。2000年教育部向高校提出要进行全英语教学，于是授课也改成了英文，一直到现在已经有十年了。
记者：您到北大的时候，这门课程原本是什么情况呢？是不是英语教学？
昌老师：北大的生物化学有很好的传统，有好几位老前辈，像沈同教授和王镜岩教授自上世纪80年代开始出版的《生物化学》教材，对我国生物化学的发展起到了极其重要的作用。北大是第一个有生化专业的综合性大学，中国其它大学的生物化学教材绝大部分都采用的北大编写的版本。原来的生物化学课是“全中文”的，但由于教学改革的需要，院领导决定采用全英文教学，并得到了老教授们的理解。学校也很重视。
记者：作为一门很基础的专业课程，全英文教学的效果怎样？会不会因为语言问题影响学生对科学问题的理解？
昌老师：教了几年以后老师和学生确实有一些不同的看法。即使是中文授课，生化也是很难学的，改成英文教学后学生的确负担很重。有的学生不认同完全英语授课，他们用中文听课轻松多了，有些教师也不是很支持，用中文讲课老师自己也轻松。英文教学对老师和学生而言都是挑战。在与学校领导沟通到底该如何教这门课时，学校领导表示无论如何英语教学必须坚持。我个人觉得尽管这是一个很大的挑战，但是从过去学生的反映来看，英文授课对学生而言还是很有好处的。通过这门课的学习，我们的学生在查阅文献、听专业讲座或报告以及跟国外学者对话交流方面明显有优势。
一门两个学期的课，且不管老师讲的好坏，厚厚的一本英文书，能够学下来，而且考试、口头报告、论文都是英文的，这对学生是很好的训练。尽管学的时候可能很困难，但多花些时间，咬牙坚持下来就会很有收获。
以前在清华教课时，每年都有一两个学生，原来高中学的是日语或俄语，英语是从零开始，但他们一边学英文，一边上课，最后考试还考得相当好。现在的学生似乎就没那么积极了，学生的目标不是学知识提高自己，而是拿到学分顺利毕业，这个变化让我有点吃惊。现在做科学研究通用语言无疑是英语，要参与国际竞争，我们的学生如果语言能力方面落后于人，差距就拉大了。所以尽管有很多困难和阻力，我们还是一直把全英语教学方式坚持下来了。
记者：您上课用的英文教材是自己编的还是国外出版的？
昌老师：国外的。国际上最流行的两本教材之一，我们用的教材已经有四十年的历史了，现在我们用的是第五版了。
记者：国内的教学习惯或者教学要求与国外有没有什么不同？
昌老师：还是有些不同。我记得几年前教育部高教司召开过一次双语教学研讨会，高教司的司长说教育部强调用英语教学不是简单的用英文教材、英语讲课，而应该是教育理念的整体改变，要吸取融合国外的教学思想。
某种意义上，我同意这种说法。国外的教材或者课程是一个概念体系，故事性很强，这个学科怎么发展，知识是怎样获取的，有什么科学问题等，内容跟研究工作的关系很紧密。早期的国内教材相对还是以学习为主，更多的是列出一个框框，讲讲重点。什么叫重点？讲课讲的很多、非常清楚明白，老师考试考的就是重点了。而真正的科学研究不一样，反而是那些教材上说得不是很清楚、到目前还没有明确结论、同学认为“不重要的”内容可能更重要。
我经常跟学生说，教学的最高境界是让学生能够“读到书上没有写的，听到他人没有讲的”。除了教材，我讲课的方式也不是简单的介绍知识，更多的是强调知识是怎么获得的，还有哪些问题需要研究，等等。
记者：这种指导思想在教学中如何体现呢？您能否举个例子？
昌老师：比如说作为课程考试的一部分，我们要求学生找一篇经典的或者是有代表性的研究论文，把它读透，然后做一个口头报告。主要是介绍这篇文章，它提了什么问题，做了什么研究，什么地方做得好，什么地方做得不好，还有什么需要进一步研究。教材跟研究论文还是有一定的距离，我希望我们北大的学生能够尽早把这个鸿沟跨过去，知道从教材到研究是怎么回事，逐渐认识到科学研究要怎么做。更重要的是训练自己怎么去理解别人的工作，怎么把自己的意见用科学的语言表达清楚，这都是科研工作者的基本功。我们的口头报告是两个学生一组，每人10分钟左右，其间还要回答同学或老师的提问，这是很富有挑战性的，大部分学生都愿意接受这个挑战，而且觉得收获很大。
最近我们又开始了新的尝试，比如就某一领域让学生写一篇英文综述。
我觉得课程只是一个载体，目的是通过训练使学生各方面能力都得到提高。不仅让学生了解这门课程所涉及的一些专业知识，也要锻炼他们如何读研究论文、如何思考科学问题、如何总结提炼科学规律。学一门专门的知识并不是特别重要，因为现在是信息时代了，关键是要掌握学习的方法，同时养成良好的习惯。“生物化学”跟其他课程相比，教学内容、形式、方法上都有新的尝试，学生也感觉很不一样，学习后的印象也比较深刻。
记者：教学上的这些尝试和改革您是怎么想到的？
昌老师：作为教师和科研工作者经常参加各种国际学术交流活动，逐渐认识到要把一个学生培养成一个学者，哪些能力比较重要，通过哪些手段可以培养这些能力。教学上的这些改革也是在工作中不断思考和一点一滴积累的结果，想法到付诸实践还有一个磨合的过程。比如，我们曾经在考试中允许学生带一张A4纸，可以预先写上一些东西在考试时查看，目的是不让学生死记硬背，同时也让他们自己总结一下课程内容。一开始觉得挺好，但后来就慢慢变成了几个人总结，大家都拿这几份去复印。这就毫无意义了，所以上个学期又取消了这种做法。再比如文献阅读、口头报告也是不断地演化，最初我让助教把经典文献找好复印发给学生，后来又变成让学生自己去找。哪些刊物比较好，什么样的文章比较有价值，学生主动来挑选，这个过程也是一种学习。如同做科学研究不断尝试新东西一样，同样的理念也可以用到教学上面，总之是要不断总结、思考、尝试，好的继续，不好的就停掉。
记者：学生自己找的文章水平是不是差距很大？
昌老师：我们会要求找经典文献，比如文章发表以后得了诺贝尔奖或者编入教科书的文献。也可以从知名的专业刊物像Nature，Science，Cell里面找一些代表性的文献。大家对这个事情还是很有热情的，通常都会积极地去查阅好的文章来读。
记者：学生会不会找相同的文章呢？
昌老师：相同是允许的，同样的文章不同学生的理解也会不同，这样更容易作比较。
记者：除了找文献、作报告，还要其他形式的考核吗？
昌老师：我们的“生物化学”课每讲完一章都有一次5-10分钟左右的小测验，一方面是检查学生有没有及时的复习、巩固知识，另一方面也对学生的考勤起到了监督作用。
记者：测验和考试的题目都是什么类型？
昌老师：考试题目也在不断改进。这两年我逐渐在增加问答题比重，出题灵活，没有标准答案，主要看学生有没有真正理解。虽说是用英语答题，但并不要求写的很流利，只要意思答对了一般就会给分。但问答题是出题较容易，改题很难，每年要耗费大量的时间和精力在批阅试卷上。
记者：您的讲义或课堂讲授方面有什么特点吗？
昌老师：我们现在都是做好PPT演示完稿,上课放给学生看，在做PPT的过程中会参考很多不同特色的教材和其他文献，然后形成自己的讲课思路。我喜欢讲一些学科发展的历史，教材上往往没有。我也会在网上查阅一些新的论文、数据、结果等补充进我的讲义，尤其国际上知名学者写的综述，我也是比较喜欢引用的。我讲了十几年了，但每次上课前都要花不少时间重新备课，总能看到一些新的文献，发现新的东西。
我觉得在授课方面，每位老师上课应该有他的特点，同样的东西，不同的人讲肯定是很不一样的。任课老师应该力争形成自己鲜明、独特、有活力的教学风格，这对改善教学效果也是非常重要的。
课堂讲授方面因为是英文授课，毕竟不是我们的第一语言，自由发挥的余地就比较小，不像中文那样脱口而出，有时候还要思考一下。如果是用中文，这个课肯定会更加生动，可以按照教育心理学的要求，制造一种跌宕起伏的课堂气氛。英语讲课就不太容易把握这种节奏，所以在怎么使学生能够一直处于兴奋状态方面，我觉得自己还有需要提高的余地。
记者：您的学生中能够提出自己见解的人多吗？
昌老师：清华、北大还是有一部分学生能够提出好的问题来，有的学生还能够发现教材里的错误，有的学生通过学习这门课后，能够提出很有深度的科学问题。教学相长，的确教的过程也是帮助自己不断提高的过程，提高科学思维能力，对科学的概念也会有更深层次的理解。
记者：您能不能对英语教学做一个整体的评价？
昌老师：英语当然很重要，尤其是对于高水平人才的培养。学生从高中升上来还意识不到英文的重要.当遇到出国交流的机会，再到研究生阶段，越往后走就发现英文的使用越普遍。英文越早学越好，尽管难，但是经过磨练提高，真是受益良多。所以我觉得尽管英语教学对老师对同学都是挑战，但还是应该坚持，而且要不断想办法做好。任何事物都有两面性，也不可能说英语教学就什么都好，你可以找出一大堆问题来，比如影响学生对专业的理解，中文可能一下子就明白了，英语读好几遍都不懂。但我觉得这并非不可克服的困难，只要以积极的心态去面对，英语教学对培养研究能力和专业领域的交流能力还是利大于弊的。
教育就是这样，要尊重学生的意见，但不能牺牲教育的目的去“取悦”学生。要听听学生想怎么样，了解学生喜欢怎么样，但老师要凭着走过来的经验，思考学生几年十几年以后需要什么东西。
二、科研与培养人才：逆风更适合飞翔
记者：您能够介绍一下您做科研和研究生培养方面的经验吗？
昌老师：科研方面，首先选题当然是最重要的。选热门的题目容易，但这种盲目跟风的态度就很难出重大成果，科研选题需要独到的眼光和冷静的判断。在生命科学历史上，很多开创性的工作往往来自一些当时不被人关注的方面。
第二，生命科学研究还有选材的问题，即选择什么样的模式生物。研究不同的课题，选择合适的模式生物非常重要。
重大的科学发现都是不能预测的，很多成果都是歪打正着出来的。能预期得到的工作不是真正的科研，科研总会伴随各种困难，甚至面临“绝境”。学生对此往往没有充分准备，开始很多时候看到实验中相互矛盾的结果，碰到一些根本想不到的现象，学生就会很烦恼，但这才是真正的科学研究的开始。这个说不通那个说不通，最终你要把整个东西搞清楚了，工作就算做好了。我们要求学生观察到什么就是什么，得到什么数据就是什么数据，绝对不能修改或伪造。得出来的东西可能跟你预期的完全不一样，这才更有意思，更应该引起关注，如果是意料之中反而没什么太大意义了。
从事科学研究的确是见很艰难的事情，要求体力劳动和脑力劳动相结合才能把工作做好，这就需要付出很多的体力和精力。你既要有想法，又要能动手实施，两者缺一不可。在科学研究的过程中会经受各种挫折和煎熬，但越有挑战的事情越能够激发人们的兴趣，最终完成的时候才会体会超乎寻常的满足感和成就感。
我们对研究生的教育着重是培养他们的各方面能力，要做好科研需要各方面素质都很好，要能够从不同的角度提问题，在大量熟悉文献了解背景知识的同时又要跳出文献中已有的思路，要通过文献上讲的东西知道什么问题还没有解决，哪些地方可以进一步去探讨。也就是我之前提到的观点，要听到人家没讲的，读到书上没写的。我们有的学生一来就讲，人家都做完了，没有什么可做了，这就不能说是正确的科研态度了。对于生命科学领域的任何问题拿出来，没一个是绝对做完的。往往是，获得某一发现后可能会引出更多的需要深入认识的问题来，所以就会使我们提出更多的问题来进一步研究。
培养人才要面向未来。研究生可能是学生接受教育的最后阶段了。对于怎样提出问题，怎样想办法回答问题，怎样查阅文献，思考、讨论、总结等这些更高层次的智力活动的训练更要加强。我们要求研究生做论文，必须自己写出来完整的第一稿，然后老师跟学生一起再修改，我觉得这样的磨炼过程非常重要。他经历了训练后知道如何解决问题，如何写好文章，不管以后他做不做科学，这种能力都可以让他胜任新的角色。
记者：科研选题方面是您给布置的还是由学生自己提出？
昌老师：选题是双向的，实验室有一个大的方向，但是具体小的方向学生有很大的选择余地。我鼓励学生自己提出来，希望学生自己先去找想解决的问题，然后跟老师一起讨论，经过多轮讨论，最后落实到哪方面可以深入做下去。
记者：平常您怎样指导研究生工作？
昌老师：每周都会和学生们交流，有组会的形式也有单独讨论，每周交替进行。组会的时候每个人轮流讲近期的工作进展或遇到的问题，大家一起讨论，充分交流。单独讨论就是我和学生之间针对他的课题更深入的讨论。我们实验室、办公室都在一起，随时敲门，随时可以讨论，还可以通过短信、邮件来交流问题。
我觉得在老师跟学生密切接触当中，学生是能够体会到很多东西的。如果没有这种深入的交流，只是放手让他去做，效果是很有限的。尤其怎样提出切中要害的问题，怎样选择正确的研究方向，怎样解决研究中遇到的困难，这些方面学生还是需要跟老师多学习才能逐渐提高。我感觉研究生培养过程是这样的：开始一两年可能更多的是老师指导学生，后面反过来了，是学生指导老师。因为随着研究的深入，在一个小的方向上学生懂得的东西应该比导师要多。
记者：有没有做研究有困难的学生？如果有的话，您觉得他们的问题在什么地方呢？
昌老师：这种情况也有，原因是多方面的。有的是为了拿学位、找工作，而不是有真正的科学兴趣，也没有领会到科学研究不是那么容易做的。早些时候的学生天天围着我讨论问题，现在有的学生我追着他讨论他还回避。我坚持认为，没有踏踏实实的工作，没有真才实学，你可能混得不错，但永远也就是混日子而已，谈不上获得有价值的人生。
记者：您对学生的要求一直是很严格的。
昌老师：对，做学问方面肯定严格要求。学生也知道，我对他们严格要求也是为他们自己好，到后面还会感激老师的负责任。像上学期《生物化学》课学生交来的小综述存在大量的抄袭问题，我就全都退回让他们重写，后来有几个同学还是抄，我毫不客气的给了零分。我觉得他得个零分会一辈子记得什么能做，什么不能做，不遵守规矩就要被惩罚。对学生而言，暂时看也许是件坏事情，但长远看对学生应该是有好处的，可以避免他在未来的人生道路上犯更大的错误。
对学生要好但是不能松。中国跟国外不一样，学生从小普遍缺乏独立自主能力。实际上你要放松他，他也就放松了，你不限制他，他就会垮下去了，所以对学生就应该严格要求。只要是公正的严格还是能够得到学生拥护的。
三、科学、教育与人生感悟杂谈
记者：您对生命科学发展中遇到的一些质疑，比如克隆、转基因等方面有何评价？
昌老师：科学研究是个不断发展的过程，随着技术的更新，对于生命现象认识不断的修改、深入，肯定会带来一些负面的东西，但更多的是带来更好的生活。人类毕竟是为了自己更好的生存才去进行各种艰苦的探索的，也只有探索和发展才可能真正把握人类未来命运。人类所需要考虑的是在科技开创的新时代中，如何与自然和平共处，而不是宣扬农业社会的所谓“和谐”。没有科技的进步，人类就没有对各种灾害的抵御能力，大自然不总是温情的，恐龙的灭绝就是明显的例证。
记者：生命现象是非常复杂的，您觉得生命科学的研究最终能真正揭示生命的奥秘吗？
昌老师：复杂的极致是简单。现象是复杂的，但其背后的规律是简单的，我相信这对所有的科学研究都是适用的。生命科学中最典型的一个例子就是遗传物质的载体是什么的问题。一开始人们都认为极其复杂，从一个卵细胞变成一个个体是多么不可思议，所以认为大概是蛋白质，因为其它东西都太简单了。最后发现是DNA，只有四种碱基配对排列组合的螺旋状分子，可以说非常简单。生物在自然进化的过程中，只有简单、完美、高效的东西才能被选择下来，那些复杂的，耗能很高的生命形式必然要淘汰掉。所以我相信复杂的生命现象背后的规律也应该是简单的，需要我们不断的探索，而研究的过程肯定是一片混乱，是曲折复杂的，因为你不知道结果是什么，目的在哪里。
记者：据我所知，您选择生物学是一个非常偶然的因素，您是怎么对这个领域产生兴趣的呢？
昌老师：生命世界是非常美丽的，无论是在宏观水平还是在微观的分子水平，生命都表现出无与伦比的精确和高效。在每一个细节上，无论是结构、功能，还是相互之间的作用机制都令人赞叹不已。这也使生命科学成为一门非常独特的学科，因为它是以自然之精华——生命为研究对象。所以学生物还是非常好玩的，不管是偶然还是必然，有机会选择进入这个学科我觉得很幸运。
记者：您说的非常好。只要稍微了解一些生命的奥秘，哪怕只是一个细菌，都会让人感受到生命是奇特且伟大的。生命科学在中国传统上远不如“数理化”那么受重视，一般人普遍缺乏对生命较深层次的理解。在某种程度上，这不但影响了生物学的发展和社会竞争力，还关系到人文社会的建构，如果人们的观念里没有一种对生命的敬畏，谈和谐社会就显得有点勉强。
昌老师：这我很赞同。科学乃至文明的进步与整个社会发展的方方面面都有关系。就说人们熟悉的传染性疾病吧，社会上很多人都会把细菌和病毒混淆，其实二者差别是很大的。
中国的科普是个大问题。实际上做科普要求很高，要对科学原理理解的很透彻很深入，才能向非专业人员讲明白这是怎么回事。我们有很多科普工作都走偏了，科普被认为是简单、次要的工作，不登大雅之堂。一些做科普的人对科学理解也很肤浅，甚至不懂科学，所以也不可能把科学里面真正的东西反映出来。当然这也和我们中国没有科学传统可能有关。西方不同，他们几百年来，生活环境里面接触科学的途径很多，像众多的科技博物馆、电视、杂志等等都成为大众了解科学的媒介。
像西方的科普工作都是大科学家来做。还比如美国一些科学水平很高的杂志包括“Science”、“Scientific American”等都是科普杂志，是给老百姓读的。中国在大科学家做科普这方面是有待加强的。这件事情需要我们科学界真正重视起来，逐渐的才会与社会环境形成良性互动。
中国现在对科学的认识方面还存在一个普遍的问题，就是分不清科学与技术的区别，也就无法理解科学真正的意义。我几年前参加国家中长期规划深有体会，领导们说科学，实际就是指技术，应用的东西。科学本身不讲有用没用，而是揭示自然规律，有时候像艺术一样，是用来体验和欣赏的；技术就不一样了，要变成仪器和工具，有用才有价值。一般来说，社会是科学的土壤，科学是技术的土壤，但现在我们有点舍本逐末。
记者：您觉得我们现在的教育体制，在培养学生科学素养方面有什么问题吗？
昌老师：国内高中就开始文理分科，表面上更重视学生的专业发展，但实际上这是一个误区。科学精神需要很多人文方面的素养，人文方面的发展也需要科学的态度。美国是到大学二年级才开始分科，之前课程都一样，他们对人才素质的培养是全方面的。西方大学一、二年级都有写作课，学生必须学会交流。选拔人才时，不仅要看成绩，还要看交流、写作的技能。这些年国际交流多了，能明显看出我们的学生在表达能力，交流、合作精神上的欠缺，尤其是理科的学生更加明显。
记者：大部分的中国学生都觉得学习是一个苦差事，对上学感到厌倦，国外的情况如何？
昌老师：中国的家长老是批评孩子，总是提要求，这是中外教育理念上的一个显著差异。我们说西方的教育是大拇指教育，父母和老师都是鼓励的多，批评的少，批评也是先鼓励，后批评。
我们的教育理念里面有值得反思的地方。现在教的知识比以前多了，但思想品德方面还是老一套的爱国主义、集体主义、远大理想这些内容，大而空，在当前市场经济环境下效果也很弱。在培养学生做人、做事方面，不管是中学还是大学目前都存在缺陷。这些问题一方面需要学校和社会的引导及体制上的改革，另一方面我觉得学生自己要有意识提高自身的追求。阅读一些哲学著作，提高自身修养，比如中国古代的《道德经》、《论语》之类，很多不朽篇章，其中道理耐人寻味。
记者：您看过很多古书，您是怎么对中国的传统文化产生兴趣的呢？
昌老师：我上中学的那个年代的教育理念是“学好数理化，走遍天下都不怕”，我记得高考语文考了三十几分，老师就觉得很满意了。后来逐渐在学习和工作中，体会到这方面得加强。写作能力、语言表达能力不强，在很多时候限制了自身的发展。到美国以后，个人经历多了，生活上遇到一些烦恼，就会寻找一些东西来丰富自己，逐渐接触了一些传统的思想著作。慢慢就觉得这些传统的思想著作对工作、生活的各种问题都很有启发。不同学科实际上都是相通的，一条道走不通，有时需要跳出来，换个思路会豁然开朗。
记者：好，非常感谢昌老师，我们今天的采访就到这里。
媒体报道三：
“他是院里最严的老师”—访国家级精品课得主昌增益教授
昌增益在北大蛋白质科学中心的成立大会上（摄影：君扬）与昌增益老师约好的采访时间是早上八点，然而，当记者准时抵达他的办公室时，却发现昌老师早已在电脑上忙碌地工作起来了。稍不久，办公室旁的实验室里也有同学在聚精会神地做实验了。昌老师就是这样一个人，勤奋、踏实，对学生爱才心切，却更加严格要求。他说，他最喜欢的是聪明加勤奋的学生，是“行胜于言”的学生。“院里最严格的老师”《生物化学》课是生命科学学院的本科基础课，然而却采用的是全英文教学，从教学语言到教材到考试作业。昌老师也因此被学生称作昌Sir。这样的课，未免会给同学带来较大的压力，可昌老师却对同学们丝毫不放松，平时要求同学阅读英文的经典论文后作课堂报告，频繁地测验，每个学期还可能给出几个不及格。他说，他最“恨”同学上课窃窃私语。他认为，这不仅是对老师和周围同学的不尊重，也影响了其他同学的学习，是个人品性和修养的问题。采访时，一位大三的学生走进办公室，当记者问她同学们对昌老师的印象如何时，她笑着说，昌老师可以说是院里最严格的老师了：因为他随时都很严，所以反而想不起最严厉的是哪件事了。“爱之深，责之切”。这样一位严师却对学生特别爱护。就在那位同学离开办公室后，昌老师对记者说：“她是大三成绩最好的学生，非常刻苦，一大早就来实验室做实验了，我想送她去哈佛。”对于教学，他说：“上课是个挑战，要接受那么多同学的检验，可以与那么多不同的想法交流，上好了课，与科研同样有成就感。”科学中体味艺术在常人看来，生物化学是一门十分单调的学科，分子、化学元素、溶解、生物结构、机理、计算求解。一天可能有大半的时间要泡在实验室里，看论文写论文也要埋头苦干。然而，真正的大家，真正“学懂学通”的学者，却能够“柳暗花明又一村”，在这些枯燥和苦累中体会到不一样的感受。昌增益就是这样的一位老师，他从这门单调的学科中体会最多的是享受。他说，学了生物化学，对自己的身体健康状况也有了“半个医生”水平的了解。不仅如此，更重要的是，通过这门学科，昌老师看到了微观生物世界里令人震惊的高效、规律和结构之美，从而，他对生命过程有了更深的感悟，对生命有了多层次的认识。早就听说昌老师是一个爱诗之人。在美国留学时，他常常有感而发，创作一些诗歌，发表在《北美行》杂志上。去年在生科院的春节联欢晚会上，昌老师还吟诵了自己创作的诗歌。而历史、传记也是他的心头所爱。他说，看看《论语》、《道德经》吧，这是中国几千年文化的积淀，从里面可以读出莫大的智慧。科学与艺术本就是统一的。昌老师是幸运的，也是智慧的，他不仅在科研上达到了登峰造极的水平，也把他的诗意融入其中，尽享其中的乐趣。月是故乡明昌增益生长在江西萍乡的一个小山村，1980年，15岁即考上上海华东师范大学生物系。1984年，又考上中国科学院上海生物化学研究所的研究生，随后获得仅有的几个国家公派留学生名额，赴美国贝勒医学院生物化学系并获博士学位。在美国学成后，昌增益回到了祖国——他从没有想过要留在美国。“金窝银窝比不过自己的草窝。”不管走到哪里，不管在国外待了多久，骨子里还是中国的。“他们说的笑话我们中国人很难听懂，就像他们不会明白我们的‘三打白骨精’一样”。文化的差异使得昌老师在国外很难有归宿感。物质上的享受和满足是无法弥补对故土的依恋的。在美国时，他曾难抑中秋的思乡之情，写下如下诗行：太平洋不过一条小河怎可把梦想阻隔趁此皓然月色我要轻轻跨过海外今日你我何日相聚在故国？1996年，获悉清华大学招聘教师，学有所成的昌增益回到了祖国。两年后，32岁的他成为清华最年轻的教授。2003年9月，他来到了北大。做儿子的学生在昌老师办公室外的墙上，贴着一些他与别人的合影。其中有个可爱的小男孩，就是昌老师的儿子。提起儿子，昌老师的喜爱之情溢于言表，但让他概括一下对儿子总的态度，他却依然是那个字——严。孩子才八岁，昌老师就已给他买了一套国学经典，并让他开始背《三字经》了。虽然工作很忙，和儿子在一起的时间不太多，但只要有空，昌老师就会听儿子讲在学校里学到的各种知识：语文、数学、其他的科技小知识。“虽然才上小学，他却能把这些说得头头是道。做儿子的学生，让他来讲，可以帮他温习知识，锻炼孩子的表达能力。”昌老师颇有点自豪地说到，“去年，他还被评为学校的‘科学小博士’。”严格，但充满爱心——对学生如此，对儿子亦然。结语孔子曰：“君子食无求饱，居无求安，敏于事而慎于言。”大意是君子不会致力于在饮食及居住环境上追求安饱，而是努力勤快地做事而且谨慎地说话。这也是昌增益很欣赏的一句话。十年前，他放弃了美国优厚的物质条件，回到了祖国。如今，他已是北大蛋白质科学研究中心主任、中国生物化学于分子生物学会常务理事、中国生化学会蛋白质专业委员会副主任委员兼秘书长、《Protein Science》编委、《中国生物化学与分子生物学报》副主编，却仍未改变勤奋严谨的作风，执著于事业，也享受着生活。附：昌增益老师在生科院去年的春节联欢晚会上吟诵的两首自己创作的作品。其一海外、游子、中秋昌增益驻足雄伟的龙城脚下流连于滔滔的江水岸边在险峻的华山之巅我们曾共赏中秋月圆遥想华夏兴亡风烟历史一段平常一段悲歌那五百五十九位帝王啊今夜月下可共饮？！一千年太久塞北的剑影刀光圆明园的断壁残垣载记多少沉浮起落明月却依然……太平洋不过一条小河怎可把梦想阻隔趁此皓然月色我要轻轻跨过海外今日你我何日相聚在故国？1994.9.17写于美国德州Brazos Bend州立公园其二别离时分昌增益1986年于美国休斯顿仿佛是在很久以前又仿佛是在昨天我们结识在异国的草原大草原上我们重玩起孩时的游戏记忆又回到梦幻的同年春夜的郊外小溪漂载着欢乐篝火温暖了忧伤串串的笑语随着朦胧的月色划破了寂静的夜幕飞向黎明的故乡河边的丛林中沿着窄窄小道我们漫步穿行留下一行行青春的脚印芬芳的友情……而明晨亲爱的伙伴我却要独划着一条小船驶向无边的大海去和风浪搏击心里期待着一片绿色的春色一盆盆黄色的菊花太阳刚刚升起它却已经枯萎暂且将枝条剪下期待着明年长出更美的花瓣在这离别时分我愁意绵绵让我轻轻地说声朋友，再见
文章来源：《中华硕博网》2008-5-3
昌增益，男，1965年1月出生，江西省萍乡市人，中共党员，博士。曾任清华大学医学院院长助理，科学与技术系生物化学与分子生物学教研室副主任，生物科学与技术系生物化学与分子生物学研究所副所长，国家教育部“蛋白质科学”重点实验室副主任。现任北京大学生命科学学院副院长，教授、博士生导师，学术委员会委员。
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