专家信息：

陶士珩，男，1961年生，安徽歙县人。现任西北农林科技大学生命科学学院二级教授，博士生导师。西北农林科技大学生命科学学院生物信息学研究中心主任。

教育及工作经历：

1982年本科毕业于南京气象学院农业气象专业。

1985年硕士研究生毕业于西南农业大学农业气候专业。

1985年西北农业大学，从事农业气象学教学与科研。

1996年7月晋升副教授。

1998年7月获西北农业大学农学博士学位。

1999年6月至2001年5月在复旦大学遗传学研究所做群体与数量遗传学博士后研究。

2001年12月晋升教授。

2007年1月至2008年1月赴美国亚利桑那大学进化与生态学系做访问学者研究。

教学情况：

主讲课程：

本科生课程：《生物信息学》、《进化生物学》。

硕士研究生课程：《高级生物信息学》、《遗传分析》、《生物信息学》、《分子进化》。

博士研究生课程：《生物信息学研究进展》。

培养研究生情况：

目前已培养硕士研究生50余名，博士研究生10余名；在读硕士研究生6名，博士研究生5名。

科学研究：

研究方向：

主要从事氨基酸替换特性与插入缺失规律、蛋白质序列对位评分体系构建、MADS基因家族调控表达网络构建、互作蛋白质协同进化、基因重要性决定因素指标体系、生物自主突变率进化的计算机模拟实验等领域的研究。

1、基因组序列分析与信息挖掘。

2、 分子进化与系统发育。

承担科研项目情况：

主持国家重点实验室开放课题3项，博士后基金1项，参与“973”“863”等项目多项。

1、校长基金：CArG元件功能确定与进化研究，主持，2008.11-2011.10。

2、教育部高校博士生访学研究：哺乳类动物同质段进化模式研究，主持，2008.7-2009.6。

3、上海生命中心：Omicexplorer进化流程分析，主持，2009.4-2011.3。

主要研究内容：

1、蛋白质进化序列比对评分系统的优化研究。

2、MADS转录因子与顺式元件的协同进化研究。

3、基因组同质段进化研究。

4、物种自发突变适合度分布研究。

科研成果：

近年来致力于生物信息学、分子进化、群体遗传学等领域的教学与科研工作。 目前主要从事mRNA二级结构动态变化规律及其对蛋白质翻译调控、微生物组学与表型关系、基因水平转移规律、病毒基因组与寄主基因组协同进化等方向的理论与计算机模拟实验研究。主持国家自然科学基金1项，参与“973”项目和“863”项目各1项。

论文专著：

在BMC Bioinformatics, BMC Genomics,等SCI源刊物发表研究论文20篇，参与编写专著2部。

出版专著：

1、《生物信息学》，科学出版社，2007年，主编。 

发表部分英文论文：

1. Hongxia Pang,…S.H.Tao, Statistical Distributions of Optimal Global Alignment Scores of Random Protein Sequences. BMC Bioinformatics 6:257 (15 October 2005)（SCI, IF =5.423）(通讯作者)

2. Jingfeng Chen,…, S.H. Tao. significant positive correlation between the recombination rate and GC content in the human pseudoautosomal region Genome 2006 Volume 49, Number 5, May 2006: 413-419（SCI, IF=2.1）(通讯作者)

3. Jingjing Li, …, S.H. Tao. A New Method for RAPD Primers Selection Based on Primer Bias in Nucleotide Sequence Data. J. of biotechnology 126(2006):415 -423 （SCI, IF=2.687）(通讯作者)

4. Li GL, Tao SH, Wang XJ. Sequence and epitope analysis of surface proteins of avian influenza H5N1 viruses from Asian patients. Chinese Science Bulletin 2006, 51 (20): 2472-2481（SCI, IF =0.783）

5. Li Mingkun,…, Shiheng Tao. Evolution of the Isochore Structure in the Scale of Chromosome: Insight from the Mutation Bias and Fixation Bias. J. of Evolutionary Biology. 2008 Jan;21(1):173-182. Epub 2007 Nov 12. （SCI, IF=3.92）(通讯作者)

6. Gong XD,…, Tao SH. Comparative Analysis of Essential Genes and Nonessential Genes in Escherichia coli K12. Mol Genet Genomics. 2007 Oct 18; Mol Genet Genomics (2008) 279: 87-94 :（SCI, IF=2.978）(通讯作者)

7. Yanhui Fan, … Shiheng Tao Patterns of Insertion and Deletion in Mammalian Genomes Current Genomics, 2007, 8, 370-378 （SCI, IF=0.782）(通讯作者)

8. Yanhui Fan, … Shiheng Tao The rates and patterns of insertions, deletions and substitutions in mouse and rat inferred from introns Chinese Science Bulletin 2008， 53 (18) （SCI, IF =0.77）(通讯作者)

9. Xia Shen, …Shiheng Tao, the correlations of the function and positional distribution of the cis- elements CArG around the TSS in the genes of the Mus musculus Genome, 2009 52：217-221（SCI, IF =1.76）(通讯作者)

10. Qi Shi, …Shiheng Tao, Chimpanzee and Human Intron Comparison Reveals Functional Constraints and Complex Evolution Genetica 2009 （SCI, IF =1.7）(in press) (通讯作者)

11. Wu WW, Huang XT, Cheng J, Li ZG, de Folter S, Huang ZR, Jiang XQ, Pang HX and Tao SH*. 2011. Conservation and evolution in and among SRF-and MEF2-type MADS domains and their binding sites. Molecular Biology and Evolution, 28: 501-511. (SCI, IF="9.872)

12. Jiang XQ, Xu Z, Li J, Shi YY, Wu WW and Tao SH*. 2011. The influence of deleterious mutations on adaptation in a sexual population. PLoS one, 6:e27757. (SCI, IF="4.411)"

13. Li L, Guo Y, Wu WW, Shi YY, Cheng J and Tao SH*. 2012. A comparison and evaluation of five biclustering algorithms by quantifying goodness of biclusters for gene expression data. BioData Mining, 5(1): 1-10. (SCI, IF="2.624))

14. Cheng J, Wu WW, Zhang YW, Li XC, Jiang XQ, Wei GH and Tao SH*. 2013. A new computational strategy for predicting essential genes. BMC Genomics, 14:910. (SCI, IF="4.397)

15. Jiang XQ, Hu SJ, Xu Q, Chang YJ and Tao SH*. 2013. Relative effects of segregation and recombination on the evolution of sex in finite diploid populations. Heredity, 111(6):505-512. (SCI, IF="4.110)"

16. Mao YH, Wang WT, Cheng N, Li Q and Tao SH*. 2013. Universally increased mRNA stability downstream of the translation initiation site in eukaryotes and prokaryotes. Gene, 517:230-235. (SCI, IF="2.196)

17. Mao YH, Li Q, Wang WT, Liang PQ and Tao SH*. 2013. Number variation of high stability regions is correlated with gene functions. Genome Biology Evolution, 5:484-493. (SCI, IF="4.759)

18.Mao YH, Liu HL, Liu YL and Tao SH*. 2014. Deciphering the rules by which dynamics of mRNA secondary structure affect translation efficiency in Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acids Research, 42:4813-4822. (SCI, IF="8.808

19.Chang YJ, Hua Y, Jiang XQ and Tao SH*. 2015. Influences of dominance and evolution of sex in finite diploid populations. PloS one, 10(5): e0128459. (SCI, IF="3.534)

20. Meng XW, Wang C, Rahman SR, Wang YX, Wang AL and Tao SH*. 2015. Genome-wide identification and evolution of HECT genes in soybean. International Journal of Molecular Sciences, 16(4):8517-8535. (SCI, IF="2.862)

发表中文期刊论文：

[1]韩岗,马婧,陶士珩,张羽,杨健.厚壁菌门细菌及其祖先蛋白的氨基酸偏好性研究[J].安徽农业科学,2011,39(30):18408-18410.

[2]马婧,孙超,陶士珩,韩岗,杨健.基因组偏好影响细菌直系同源蛋白质组成[J].安徽农业科学,2011,39(26):15848-15854.

[3]王旺田,张金文,王蒂,张俊莲,司怀军,陶士珩.马铃薯块茎糖基转移酶基因的克隆及其RNAi载体的构建[J].作物学报,2011,37(11):1926-1934.

[4]范巍,陈金锋,陶士珩.基因分型错误对病例对照方法估计疾病外显率可靠性的影响[J].中国卫生统计,2010,27(06):567-571+576.

[5]王旺田,张金文,王蒂,陶士珩,季彦林,吴兵.光质与马铃薯块茎细胞信号分子和糖苷生物碱积累的关系[J].作物学报,2010,36(04):629-635.

[6]杜江峰,武永军,方晓峰,曹君霞,赵亮,陶士珩.生物信息方法预测高粱miRNA及其靶基因[J].科学通报,2010,55(07):553-561.

[7]刘桂玲,陶士珩,朱珊娜,李晨.葡萄病害诊断BP网络模型关键问题研究[J].农机化研究,2010,32(02):13-16.

[8]张银霞,曹钻,袁志发,陶士珩.相邻位点碱基突变的熵性质[J].浙江大学学报(农业与生命科学版),2010,36(01):43-48.

[9]杜江峰,武永军,张银霞,吴磊,陶士珩.信息熵方法大批量分析成熟体及前体miRNA序列的重要位点[J].中国科学(C辑:生命科学),2009,39(04):420-428.

[10]徐琪,吴信生,张学余,包文斌,陈国宏,侯庆文,陶士珩.狼山鸡核型参数与生产性能的关系研究[J].中国家禽,2008,30(24):33-35.

[11]范彦辉,陶士珩.用Perl实现在Windows下本地化运行BLAST[J].生物信息学,2008(04):178-179.

[12]范彦辉,师奇,陈金锋,王文娟,庞红侠,唐教伟,陶士珩.大鼠与小鼠内含子中插入、缺失与替换的速度与模式[J].科学通报,2008(16):1916-1922.

[13]张子龙,陶士珩,李加纳.甘蓝型黄籽油菜与黑籽油菜苗期生理特性的比较研究[J].作物学报,2007(05):837-842.

[14]裴国亮,李京敬,王长发,陶士珩.冷暖型小麦基因差异的最佳RAPD反应体系研究[J].安徽农业科学,2006(13):2993-2995.

[15]李军,王立祥,邵明安,陶士珩.宁南旱地作物降水生产潜力及其适度开发研究[J].水土保持学报,2001(S2):125-128.

[16]陶士珩,储建华,刘晓明,张荣梅,张镇,罗泽伟.应用混合群体的连锁不平衡信息实现基因定位的解析率分析[J].科学通报,2001(16):1356-1358.

[17]陶士珩,刘晓明,储建华,张荣梅,杜丽萍,罗泽伟.混合群体连锁不平衡的衰减速率与基因定位[J].科学通报,2000(21):2274-2280.

[18]张荣梅,杜丽萍,彭志海,储建华,刘晓明,陶士珩,罗泽伟.多结节性甲状腺肿的分子遗传学研究进展[J].中华医学遗传学杂志,2000(05):58-60.

[19]陶士珩,张荣梅,储建华,刘晓明,杜丽萍,齐庆远,罗泽伟.混合群体连锁不平衡的群体遗传学模型[J].科学通报,2000(19):2041-2047.

[20]钱允祺,陶士珩,王立祥,廖允诚.土壤湿度的统计特征及应用分析[J].中国农业气象,1999(01):3-5.

[21]钱允祺,陶士珩.黄土高原降雨雨滴最终速度的分布律[J].西北农业大学学报,1998(05):3-5.

[22]陶士珩,王立祥,胡希远,杜世平.土壤含水率测定的误差分析及控制[J].干旱地区农业研究,1997(02):87-91.

[23]胡希远,陶士珩,王立祥.半干旱偏旱区糜子沟垄径流栽培研究初报[J].干旱地区农业研究,1997(01):47-52.

[24]陶士珩,王立祥,胡希远.西北黄土高原水平梯田冬小麦的水分供应状况分析[J].中国农业气象,1996(03):7-9+13.

[25]蒋骏,许秀娟,陶士珩.宁南半干旱—半干旱偏旱区农业气候特征分析[J].干旱地区农业研究,1996(02):88-94.

[26]陶士珩,胡希远,王俊鹏,杜世平.宁南山区水平梯田的水分供应订正函数[J].干旱地区农业研究,1995(04):33-39.

发表会议论文：

[1]杜江峰,方晓峰,陶士珩,武永军. 生物信息法预测高粱miRNA及其靶基因[C]. 中国植物生理学会环境生理与营养生理专业委员会.第六届中国植物逆境生理学与分子生物学学术研讨会论文摘要汇编.中国植物生理学会环境生理与营养生理专业委员会:中国植物生理学会,2010:50.

荣誉奖励：

1、获省部级科技进步二等奖（第三名）一项。

2、国家科技进步二等奖（集体奖）一项。

3、享受政府特殊津贴专家。

 

媒体报道：

陶士珩对得起教书育人“这碗饭”

 

　　

农业气象本科、农业气候硕士、作物栽培与耕作学博士、群体与数量遗传学博士后、美国亚利桑那大学进化与生态学系访问学者，翻开生命学院陶士珩教授的简历，其跨界研究广度令人惊讶。对陶士珩来说，这些只是人生履历的平常事。坚守讲台32年，身为二级教授的他更看重教书育人的主业。

静下心来教书

1985年，陶士珩从西南农业大学农业气候专业硕士毕业后被分配到西农作教师，虽然并不是自己最初的内心选择，但既来之则安之，老教师的潜移默化，环境的耳濡目染，让他慢慢爱上了这个职业，也“蛮喜欢教书”。

陶士珩至今清楚地记得，当时的西农，一批德高望重、才华横溢的老教师奋战在教学一线。他们讲课条理清楚，引人入胜。一次周末的例行学习时间，张嵩午老师介绍冷性小麦及其生物学特征研究，从问题的提出到可能的解释层层剥茧抽丝，一个半小时，他听得目不转睛，全神贯注；钱允祺老师耐心细致指导他从实验课到理论课的讲授，提出青年教师需要5年历练，才能在有限的时间内给学生传授富有联想逻辑的知识体系；王迺信老师的“十大教学法”更是让他受益匪浅，特别是王迺信“一切经过深思熟虑的东西，表达出来都很明晰透彻，并且不必费力就可以找到表达的语言”也渐渐成了陶士珩的信念。

从此，面对再难、再深的概念与理论，设法用通俗易懂的语言表达，并能找到恰当的例子帮助同学们加深理解，成了陶士珩教师职业生涯的常态追求。他主动向老教师请教，学习教学“宝典”，同时投入更多的精力、时间，潜心教学研究，无论是自己学过7年的“农业气象学”，还是从零开始的“生物信息学”与“进化生物学”，陶士珩始终抱着精雕细琢的态度对待课程，对待教学，注重以问题为导向，启发引导学生在科学之路上勤奋探索。在他看来，历史长河中真正在科学史上有价值的文章并不太多，大部分会湮没于浩瀚的科学海洋中。而教师担负着教书育人的神圣职责，因此教会学生养成质疑的习惯与能力，要比传授系统的知识构建更为重要。“教书比工厂制造产品责任更大，产品可以允许一定的不合格率，但我们的产品是人，不合格的社会代价太高。”陶士珩这样要求自己。

让人过瘾的课程

2001年，结束复旦大学群体与数量遗传学博士后研究回校后，凭借深厚的数学、物理学功底，陶士珩率先为本科生开设“生物信息学”。此后，又相继开设了硕士生“遗传分析”、“生物信息学”、“分子进化”，“高级生物信息学”、博士生“生物信息学研究进展”等课程。

因为所开都是新课，陶士珩边教边学，每年根据国内外最新进展、网易公开课、国外大学慕课相关内容等更新教案，尤为强调教学内容与时俱进。他的课堂不是枯燥乏味的照本宣科、常规老套的填鸭模式，而是思维海阔天空徜徉、智慧火花相互碰撞的空间。启发式的教学方法让他的课堂变得通俗易懂，并成为学生追捧的热门课程。生物信息学硕士课程在我校网络教学平台上点击量长期占据排行榜第一。

作为一名合格的教师，除了深厚的专业理论基础和讲课技巧外，宽广的知识背景与联想能力也必不可少。2015年，陶士珩为生命学院本科生首开“进化生物学”选修课。第一年几十人，去年过百人，今年更是出现130余名学生的“爆堂”现象。课堂上，历史、地理、人文等事例信手拈来，让学生对进化生物学认识更全、更细、更深。生物技术专业152班孟德宇说：“陶老师上课很有激情，从自然选择到大气环流，从基因概率延伸到数理统计、博弈论，始终围绕进化论的核心思想，课程听得很过瘾。”

引导和激励学生

“吃了教书育人这碗饭，就要对得起这份职业和工资，更要对得起接受教育的学生。”陶士珩心中认可并践行着这个“常识”，导师王立祥教授“老实做人，认真工作”的教导他更是铭记心中。

陶士珩认为，在互联网飞速发展的今天，对接受能力更强、学习能力更强的大学生，如果还是“吃老本”，按照教学大纲规定的内容照本宣科，学生一定感到无趣。只有以问题为导向，着力培养学生独立思考能力和科学质疑精神，才能真正对学生的成长和未来有帮助。因此，在为新生专门开设的研讨课上，从逻辑学的基本知识构架、现代科学素养的训练，到理性思维准则的学习与掌握，他都精心设计每个章节的内容与教学环节。章节伊始，他都会在自己精心制作的PPT上，展示若干问题，鼓励同学们思考与讨论，他则微笑着听取同学们五花八门的回答，学生热烈讨论之后，再慢慢引导，帮助学生们自己获得答案。

研究生培养中，陶士珩不会给他们命题“作文”，而是着力发掘学生的研究兴趣，鼓励他们自由探索、发散思维，或者借助互联网上的论坛，在与同行的交流中，产生科研火花。学生遇到困境时，他会从自己的角度出发，启发式提出解决问题的方法，供他们参考，但同时尽自己所能帮助学生。曾获“吴瑞奖学金”、现在美国印第安纳大学从事基因组分析博士后研究的姜小倩谈起老师，至今感受至深：“是陶老师将我引入了运用计算机模拟理论与方法研究生物进化的全新领域，以他“润物细无声”的方式教育、帮助了我完成了硕士、博士阶段学习与研究训练。之后又“洪荒之力”帮助送我走出国门，圆满做到了良师益友的角色。遇到陶老师，是我人生的荣幸。”

从把教师作为职业到成为事业追求，其间的过程，陶士珩苦乐自知。教学工作量最多时，他同时上3门不同的课程，每年的PPT都要补充修改完善，一节课通常要花费3—5倍的时间备课。上课前，利用晚上让所讲内容在脑中过个“电影”，然后仔细琢磨怎样讲才能更生动、更有趣，激发学生的思维。

开拓生物信息学研究先河

陶士珩认为，交叉学科不是简单的知识交叉，而是知识、手段、工具、见识的交叉，通过抽茧剥丝，沿着研究主线走下去，成长为新的学科交叉点，最终成为新的学科。

陶士珩回校后，郭蔼光教授力主其彻底融入生物化学与分子生物学学科，并竭尽全力支持、鼓励他从事当时还很稚嫩但有广泛前景的生物信息学领域教学与科研。在学校、学院支持下，在我校建立了“生物信息学”系列课程体系，并成立生物信息学研究中心。中心起步时一无资金，二无人员，用同事庞红侠的话说简直就是一穷二白。陶士珩带领研究生先从公共数据库下载数据，从中挖掘有用信息，之后，又与相关院系教师紧密合作，有效整合、挖掘农业、生物学数据，十余年来发表SCI论文30余篇，并成功争取到生物信息学硕士点、博士点。

在学生眼中，陶士珩天性纯真，整天笑眯眯的，像个老顽童，一点没有导师的架子，但学术上一丝不苟。遇到学生数据处理粗糙或者态度不够端正，虽然批评的语气比较和缓，但原则问题则绝不含糊，一定要求学生改到位才能过关。

在2015级博士生李相辰眼里，陶士珩还是个“暖男”。中国传统节日，陶士珩会与学生一起过节。实验室出钱给大家买水果、每周到体育馆打球的习惯坚持至今。每天的课间操时间，他会把学生赶到楼道集体做广播体操，下班撵着去球场，自己更是率先垂范，不仅是今年校运会60米老年组冠军，平时骑自行车上下班更是常态。

只要不出差、不回老家，陶士珩就泡在办公室，周六、周天也不例外，这里可谓另外一个“家”。两张书桌，一个兼做床的简易沙发，顺着管道一直攀爬到顶的生机勃勃的绿萝，一盆艳丽的金鱼花为办公室增添了温馨和暖意。闲暇之余，他也会随意练练毛笔字，喝喝茶，但对教学科研的热情和投入却一如既往，这让56岁的陶士珩看起来更年轻、更有活力。